| MirGeneDB ID | Agr-Mir-216-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-216 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | West Indian fuzzy chiton (Acanthopleura granulata ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Agr-Mir-216-P1 Agr-Mir-216-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-216-P2 Aga-Mir-216-P2 Asu-Mir-216-P2 Ava-Mir-216-P2 Bfl-Mir-216-P2 Bge-Mir-216-P2 Bko-Mir-216-P2 Bla-Mir-216-P2 Bpl-Mir-216-P2 Cbr-Mir-216-P2 Cel-Mir-216-P2 Csc-Mir-216-P2 Cte-Mir-216-P2c Dan-Mir-216-P2 Dgr-Mir-216-P2c Dlo-Mir-216-P2 Dma-Mir-216-P2 Dme-Mir-216-P2 Dmo-Mir-216-P2 Dpu-Mir-216-P2 Dsi-Mir-216-P2 Dya-Mir-216-P2 Eba-Mir-216-P2c Efe-Mir-216-P2c Hme-Mir-216-P2 Isc-Mir-216-P2 Lhy-Mir-216-P2c Llo-Mir-216-P2c Mom-Mir-216-P2c Npo-Mir-216-P2c Obi-Mir-216-P2c Ofu-Mir-216-P2c Ovu-Mir-216-P2c Pau-Mir-216-P2c Pca-Mir-216-P2 Snu-Mir-216-P2c Tca-Mir-216-P2 Tur-Mir-216-P2 War-Mir-216-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_016165875.1_ASM1616587v1_Acanthopleura_granulata) |
JABBOT010000010.1: 20312836-20312896 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-216-P2c) |
Mir-12
JABBOT010000010.1: 20311300-20311359 [-]
Ensembl
Mir-216-P2c JABBOT010000010.1: 20312836-20312896 [-] Ensembl Mir-216-P1 JABBOT010000010.1: 20313067-20313123 [-] Ensembl Mir-216-P2d JABBOT010000010.1: 20313273-20313332 [-] Ensembl |
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| Seed | AAUCUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUGUUGUUUAAUGUUUGUAGAUGUUUGUCUAAUCUCAGCUGGUAAUUCUGAGUUUGAAUCAAUCCUCUCAAGUUACUAGCCGAGAUUACACAAGUGUCUGUUUAAUCGGCAUGGACUAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAUGUUGUUUAAUGUUUG--| UG C A C UUUGAA UAGA UUUGU UAAUCUC GCUGGUAAUU UGAG U GUCU GAACA AUUAGAG CGAUCAUUGA ACUC C CAAUCAGGUACGGCUAAUUU^ GU C C - UCCUAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Agr-Mir-216-P2c_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAUCUCAGCUGGUAAUUCUGAG -23
Get sequence
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| Star sequence | Agr-Mir-216-P2c_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CAAGUUACUAGCCGAGAUUACA -61
Get sequence
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