| MirGeneDB ID | Agr-Mir-216-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-216 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | West Indian fuzzy chiton (Acanthopleura granulata ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Agr-Mir-216-P2c Agr-Mir-216-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-216-P1 Aga-Mir-216-P1 Asu-Mir-216-P1 Bge-Mir-216-P1 Cte-Mir-216-P1 Dan-Mir-216-P1 Dgr-Mir-216-P1 Dlo-Mir-216-P1 Dma-Mir-216-P1 Dme-Mir-216-P1 Dmo-Mir-216-P1 Dpu-Mir-216-P1 Dsi-Mir-216-P1 Dya-Mir-216-P1 Eba-Mir-216-P1 Efe-Mir-216-P1a Efe-Mir-216-P1b Esc-Mir-216-P1 Gpa-Mir-216-P1 Hme-Mir-216-P1 Hru-Mir-216-P1 Lan-Mir-216-P1e Lan-Mir-216-P1f Lgi-Mir-216-P1 Lhy-Mir-216-P1 Mgi-Mir-216-P1 Mom-Mir-216-P1 Ofu-Mir-216-P1 Pau-Mir-216-P1 Pca-Mir-216-P1 Pcr-Mir-216-P1 Pdu-Mir-216-P1 Pve-Mir-216-P1 Rph-Mir-216-P1 Sma-Mir-216-P1 Snu-Mir-216-P1 Tca-Mir-216-P1 War-Mir-216-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_016165875.1_ASM1616587v1_Acanthopleura_granulata) |
JABBOT010000010.1: 20313067-20313123 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-216-P1) |
Mir-12
JABBOT010000010.1: 20311300-20311359 [-]
Ensembl
Mir-216-P2c JABBOT010000010.1: 20312836-20312896 [-] Ensembl Mir-216-P1 JABBOT010000010.1: 20313067-20313123 [-] Ensembl Mir-216-P2d JABBOT010000010.1: 20313273-20313332 [-] Ensembl |
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| Seed | AAUAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCAUGGAUUGUGAUAACAGCCUGGUUUCUUAAUAUCAGCUGGUAAUUCUGAAUAAGUUCAGGUUCAGGAUUCUCGCUGGUAUUGGGGAAACAGCGCCUCCUGUGAACAACCCACCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGCAUGGAUUGUGAUAACA- -| G U U AUAAG GC CUG UUUCUUAAUAUCAGC GG AAUUCUGA U CG GAC AAGGGGUUAUGGUCG UC UUAGGACU U ACCACCCAACAAGUGUCCUC C^ A C - UGGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Agr-Mir-216-P1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAUAUCAGCUGGUAAUUCUGA -22
Get sequence
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| Star sequence | Agr-Mir-216-P1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AGGAUUCUCGCUGGUAUUGGG -57
Get sequence
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