| MirGeneDB ID | Agr-Mir-216-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-216 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | West Indian fuzzy chiton (Acanthopleura granulata ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Agr-Mir-216-P1 Agr-Mir-216-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-216-P2 Aga-Mir-216-P2 Asu-Mir-216-P2 Ava-Mir-216-P2 Bfl-Mir-216-P2 Bge-Mir-216-P2 Bko-Mir-216-P2 Bla-Mir-216-P2 Bpl-Mir-216-P2 Cbr-Mir-216-P2 Cel-Mir-216-P2 Csc-Mir-216-P2 Cte-Mir-216-P2d Dan-Mir-216-P2 Dlo-Mir-216-P2 Dma-Mir-216-P2 Dme-Mir-216-P2 Dmo-Mir-216-P2 Dpu-Mir-216-P2 Dsi-Mir-216-P2 Dya-Mir-216-P2 Esc-Mir-216-P2d Hme-Mir-216-P2 Hru-Mir-216-P2d Isc-Mir-216-P2 Lan-Mir-216-P2d1 Lan-Mir-216-P2d2 Lgi-Mir-216-P2d Lhy-Mir-216-P2d Llo-Mir-216-P2d Mgi-Mir-216-P2d Mom-Mir-216-P2d Npo-Mir-216-P2d Obi-Mir-216-P2d Ofu-Mir-216-P2d Ovu-Mir-216-P2d Pau-Mir-216-P2d Pca-Mir-216-P2 Pdu-Mir-216-P2d Pve-Mir-216-P2d Rph-Mir-216-P2d Snu-Mir-216-P2d Tca-Mir-216-P2 Tur-Mir-216-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_016165875.1_ASM1616587v1_Acanthopleura_granulata) |
JABBOT010000010.1: 20313273-20313332 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-216-P2d) |
Mir-12
JABBOT010000010.1: 20311300-20311359 [-]
Ensembl
Mir-216-P2c JABBOT010000010.1: 20312836-20312896 [-] Ensembl Mir-216-P1 JABBOT010000010.1: 20313067-20313123 [-] Ensembl Mir-216-P2d JABBOT010000010.1: 20313273-20313332 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUCUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUAGUUCAUAUAACUGUCUAGACCAUUGUCUAAUCUCAGCUGGUAAGCCAGAGUACAGUCUUCACCUCGAGGUUGCUAGCAGGGGUUGGACAAGUGUCUAUCAAAACCACUGCACACACAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUAGUUCAUAUAACUGUC--| CA A G A- GUACAG UAGAC UUGUCUAAUCUC GCUGGUAA CC GA U AUCUG AACAGGUUGGGG CGAUCGUU GG CU C ACACACACGUCACCAAAACU^ UG A - AG CCACUU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Agr-Mir-216-P2d_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAUCUCAGCUGGUAAGCCAGA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Agr-Mir-216-P2d_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AGGUUGCUAGCAGGGGUUGGA -60
Get sequence
|
