| MirGeneDB ID | Hru-Mir-216-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-216 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red Abalone (Haliotis rufescens) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Hru-Mir-216-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-216-P2 Aga-Mir-216-P2 Agr-Mir-216-P2d Asu-Mir-216-P2 Ava-Mir-216-P2 Bfl-Mir-216-P2 Bge-Mir-216-P2 Bko-Mir-216-P2 Bla-Mir-216-P2 Bpl-Mir-216-P2 Cbr-Mir-216-P2 Cel-Mir-216-P2 Csc-Mir-216-P2 Cte-Mir-216-P2d Dan-Mir-216-P2 Dlo-Mir-216-P2 Dma-Mir-216-P2 Dme-Mir-216-P2 Dmo-Mir-216-P2 Dpu-Mir-216-P2 Dsi-Mir-216-P2 Dya-Mir-216-P2 Esc-Mir-216-P2d Hme-Mir-216-P2 Isc-Mir-216-P2 Lan-Mir-216-P2d1 Lan-Mir-216-P2d2 Lgi-Mir-216-P2d Lhy-Mir-216-P2d Llo-Mir-216-P2d Mgi-Mir-216-P2d Mom-Mir-216-P2d Npo-Mir-216-P2d Obi-Mir-216-P2d Ofu-Mir-216-P2d Ovu-Mir-216-P2d Pau-Mir-216-P2d Pca-Mir-216-P2 Pdu-Mir-216-P2d Pve-Mir-216-P2d Rph-Mir-216-P2d Snu-Mir-216-P2d Tca-Mir-216-P2 Tur-Mir-216-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_023055435.1_xgHalRufe1.0.p_genomic_plus_traces) |
JALGQA010000003.1: 15755123-15755181 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-216-P2d) |
Mir-216-P1
JALGQA010000003.1: 15754732-15754788 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-216-P2d JALGQA010000003.1: 15755123-15755181 [+] UCSC Ensembl Mir-12 JALGQA010000003.1: 15756156-15756212 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUCUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAAAGGGCUUGCAUGUGUUGAUGUUUGUCUAAUCUCAGCUGGUAAUUCUGAGUAAAAAGGAGGCCUCAAGUUACUAGCCGAGAUUACAUAAAUAUCUUACCGAACAGCAUGGACUAACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UGAAAGGGCUUGCAUGUGUU--| C A C UAAAA GAUGUUUGU UAAUCUC GCUGGUAAUU UGAG A CUAUAAAUA AUUAGAG CGAUCAUUGA ACUC G CAAUCAGGUACGACAAGCCAUU^ C C - CGGAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Hru-Mir-216-P2d_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAUCUCAGCUGGUAAUUCUGAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Hru-Mir-216-P2d_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAAGUUACUAGCCGAGAUUACA -59
Get sequence
|
