| MirGeneDB ID | Llo-Mir-216-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-216 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Bootlace worm (Lineus longissimus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Llo-Mir-216-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-216-P2 Aga-Mir-216-P2 Agr-Mir-216-P2d Asu-Mir-216-P2 Ava-Mir-216-P2 Bfl-Mir-216-P2 Bge-Mir-216-P2 Bko-Mir-216-P2 Bla-Mir-216-P2 Bpl-Mir-216-P2 Cbr-Mir-216-P2 Cel-Mir-216-P2 Csc-Mir-216-P2 Cte-Mir-216-P2d Dan-Mir-216-P2 Dlo-Mir-216-P2 Dma-Mir-216-P2 Dme-Mir-216-P2 Dmo-Mir-216-P2 Dpu-Mir-216-P2 Dsi-Mir-216-P2 Dya-Mir-216-P2 Esc-Mir-216-P2d Hme-Mir-216-P2 Hru-Mir-216-P2d Isc-Mir-216-P2 Lan-Mir-216-P2d1 Lan-Mir-216-P2d2 Lgi-Mir-216-P2d Lhy-Mir-216-P2d Mgi-Mir-216-P2d Mom-Mir-216-P2d Npo-Mir-216-P2d Obi-Mir-216-P2d Ofu-Mir-216-P2d Ovu-Mir-216-P2d Pau-Mir-216-P2d Pca-Mir-216-P2 Pdu-Mir-216-P2d Pve-Mir-216-P2d Rph-Mir-216-P2d Snu-Mir-216-P2d Tca-Mir-216-P2 Tur-Mir-216-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_910592395.2_tnLinLong1) |
OU342994.1: 2298218-2298276 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-216-P2d) |
Mir-12
OU342994.1: 2295834-2295889 [-]
Ensembl
Mir-216-P2d OU342994.1: 2298218-2298276 [-] Ensembl Mir-216-P2c OU342994.1: 2298977-2299034 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUCUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCGUGCAUAGCUGACUGUUGGAUGUUUAUCUAAUCUCAGCUGGUAAUUUUGAGUUGUGUUGAUCACUCAGAAUUCUGGUUGGGAUUUCAUGAAUGUCUAUAUUAACCCUUAAGCAUGCUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UCGUGCAUAGCUGACUGU--| CU UG U UUGUG UGGAUGUUUAU AAUCUCAGC G AAUUUUGAG U AUCUGUAAGUA UUAGGGUUG C UUAAGACUC U UCGUACGAAUUCCCAAUUAU^ CU GU - ACUAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Llo-Mir-216-P2d_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAUCUCAGCUGGUAAUUUUGAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Llo-Mir-216-P2d_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAGAAUUCUGGUUGGGAUUUCA -59
Get sequence
|
