| MirGeneDB ID | Esc-Mir-216-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-216 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Hawaiian bobtail squid (Euprymna scolopes) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Esc-Mir-216-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-216-P2 Aga-Mir-216-P2 Agr-Mir-216-P2d Asu-Mir-216-P2 Ava-Mir-216-P2 Bfl-Mir-216-P2 Bge-Mir-216-P2 Bko-Mir-216-P2 Bla-Mir-216-P2 Bpl-Mir-216-P2 Cbr-Mir-216-P2 Cel-Mir-216-P2 Csc-Mir-216-P2 Cte-Mir-216-P2d Dan-Mir-216-P2 Dlo-Mir-216-P2 Dma-Mir-216-P2 Dme-Mir-216-P2 Dmo-Mir-216-P2 Dpu-Mir-216-P2 Dsi-Mir-216-P2 Dya-Mir-216-P2 Hme-Mir-216-P2 Hru-Mir-216-P2d Isc-Mir-216-P2 Lan-Mir-216-P2d1 Lan-Mir-216-P2d2 Lgi-Mir-216-P2d Lhy-Mir-216-P2d Llo-Mir-216-P2d Mgi-Mir-216-P2d Mom-Mir-216-P2d Npo-Mir-216-P2d Obi-Mir-216-P2d Ofu-Mir-216-P2d Ovu-Mir-216-P2d Pau-Mir-216-P2d Pca-Mir-216-P2 Pdu-Mir-216-P2d Pve-Mir-216-P2d Rph-Mir-216-P2d Snu-Mir-216-P2d Tca-Mir-216-P2 Tur-Mir-216-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (esc-GCA_024364805.1_ASM2436480v1) |
JANFOI010000056.1: 177212-177271 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-216-P2d) |
Mir-216-P1
JANFOI010000056.1: 172660-172717 [+]
Ensembl
Mir-216-P2d JANFOI010000056.1: 177212-177271 [+] Ensembl Mir-12 JANFOI010000056.1: 178869-178928 [+] Ensembl |
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| Seed | AAUCUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUUUUGCAUGUUUUCUCCGUGAUCUUUGUAUAAUCUCAGCUAGUAAUUAUGAGUAGUUUCGAUAGUCUCAAGUUACUAGCCAAGAUUAUACAAAUGUCUGACUAAACAGCAUCGAAUCGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AUUUUGCAUGUUUUCUCCGU--| C CA A GUAGUUU GAU UUUGUAUAAUCU GCUAGUAAUU UGA \ CUG AAACAUAUUAGA CGAUCAUUGA ACU C AGCUAAGCUACGACAAAUCAGU^ U AC - CUGAUAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Esc-Mir-216-P2d_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAUCUCAGCUAGUAAUUAUGA -22
Get sequence
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| Star sequence | Esc-Mir-216-P2d_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AAGUUACUAGCCAAGAUUAUA -60
Get sequence
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