MirGeneDB ID | Esc-Mir-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-12 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGUAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Hawaiian bobtail squid (Euprymna scolopes) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-12 Bge-Mir-12 Bpl-Mir-12 Cgi-Mir-12 Csc-Mir-12 Cte-Mir-12 Dan-Mir-12 Dma-Mir-12 Dme-Mir-12 Dmo-Mir-12 Dpu-Mir-12 Dsi-Mir-12 Efe-Mir-12-P1 Efe-Mir-12-P2 Hme-Mir-12 Isc-Mir-12 Lan-Mir-12-P3 Lan-Mir-12-P4 Lgi-Mir-12 Lpo-Mir-12-P5 Lpo-Mir-12-P6 Lpo-Mir-12-P7 Lpo-Mir-12-P8 Npo-Mir-12 Ovu-Mir-12 Sme-Mir-12-P9 Sme-Mir-12-P10 Sme-Mir-12-P11 Tca-Mir-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_004765925.1_miRNA_LOCI) |
Esc-Mir-12_pre_SRIE01006986.1:178769-179028: 101-160 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUAAUUUUCUUUCAUUGAAUGUACAACUUGUGAGUAUUACAUCAGGUACUGAUGAUCAAUUCAACUUUAGUACAUUUUGUAAUAUUUGCAGAUUGUUUUUCGUUCUCUACAAGUCGUCAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUAAUUUUCUUUCAUUGAAUGU--| C UG UCAG UGAUCA ACAA UUG AGUAUUACA GUACUGA A UGUU GAC UUAUAAUGU CAUGAUU U UACUGCUGAACAUCUCUUGCUUUU^ A GU UUUA UCAACU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Esc-Mir-12_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGUAUUACAUCAGGUACUGA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Esc-Mir-12_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- AGUACAUUUUGUAAUAUUUGCA -60
Get sequence
|