MirGeneDB ID | Sme-Mir-12-P11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-12 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGUAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Freshwater planarian (Schmidtea mediterranea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | sme-mir-2158 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sme-Mir-12-P9 Sme-Mir-12-P10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-12 Bge-Mir-12 Bpl-Mir-12 Cgi-Mir-12 Csc-Mir-12 Cte-Mir-12 Dan-Mir-12 Dma-Mir-12 Dme-Mir-12 Dmo-Mir-12 Dpu-Mir-12 Dsi-Mir-12 Esc-Mir-12 Hme-Mir-12 Isc-Mir-12 Lgi-Mir-12 Npo-Mir-12 Ovu-Mir-12 Tca-Mir-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | S. mediterranea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Sme_GCA_002600895.1_ASM260089v1_alt) |
NNSW01000007_dd_Smes_g4_7: 5199085-5199146 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12-P11) |
Mir-216-P2m
NNSW01000007_dd_Smes_g4_7: 5198956-5199024 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-12-P11 NNSW01000007_dd_Smes_g4_7: 5199085-5199146 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGUUUUUUUGGGAAAGUAAUUUUAAUAUUUUGAGUAUUUUUUCGUAUACCGAACAGAUCAUCGUUGACUUUCGGUAACGAAGAAUACUUGGAAUUGAGAAAUUUAUUCGUCGAUGAACAUGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GGUUUUUUUGGGAAAGU--| AAU UG U A CAGAUCA AAUUUU AUUU AGUAUUUUU CGU UACCGAA U UUAAAG UAAG UCAUAAGAA GCA AUGGCUU C AGUACAAGUAGCUGCUUAU^ AGU GU - - UCAGUUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Sme-Mir-12-P11_5p |
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mirBase accession | MIMAT0011251 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGUAUUUUUUCGUAUACCGAA -23
Get sequence
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Star sequence | Sme-Mir-12-P11_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0012149 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- CGGUAACGAAGAAUACUUGGA -62
Get sequence
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