| MirGeneDB ID | Hru-Mir-216-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-216 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red Abalone (Haliotis rufescens) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Hru-Mir-216-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-216-P1 Aga-Mir-216-P1 Agr-Mir-216-P1 Asu-Mir-216-P1 Bge-Mir-216-P1 Cte-Mir-216-P1 Dan-Mir-216-P1 Dgr-Mir-216-P1 Dlo-Mir-216-P1 Dma-Mir-216-P1 Dme-Mir-216-P1 Dmo-Mir-216-P1 Dpu-Mir-216-P1 Dsi-Mir-216-P1 Dya-Mir-216-P1 Eba-Mir-216-P1 Efe-Mir-216-P1a Efe-Mir-216-P1b Esc-Mir-216-P1 Gpa-Mir-216-P1 Hme-Mir-216-P1 Lan-Mir-216-P1e Lan-Mir-216-P1f Lgi-Mir-216-P1 Lhy-Mir-216-P1 Mgi-Mir-216-P1 Mom-Mir-216-P1 Ofu-Mir-216-P1 Pau-Mir-216-P1 Pca-Mir-216-P1 Pcr-Mir-216-P1 Pdu-Mir-216-P1 Pve-Mir-216-P1 Rph-Mir-216-P1 Sma-Mir-216-P1 Snu-Mir-216-P1 Tca-Mir-216-P1 War-Mir-216-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_023055435.1_xgHalRufe1.0.p_genomic_plus_traces) |
JALGQA010000003.1: 15754732-15754788 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-216-P1) |
Mir-216-P1
JALGQA010000003.1: 15754732-15754788 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-216-P2d JALGQA010000003.1: 15755123-15755181 [+] UCSC Ensembl Mir-12 JALGQA010000003.1: 15756156-15756212 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAGAUUUUGCCAUUCUAAGCCUGGUUUCUUAAUAUCAGCUGGUAAUCCUGAGAGAUCCACGCCUCAGGAUGCUGACUGAUAUAUGGCAAACGGGUACUUGUAUUCCUCGUCACAACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 ACAGAUUUUGCCAUUCUAA--| G - UA CU A AGAU GCCUG UUU CU AUAUCAG GGUA UCCUGAG C UGGGC AAA GG UAUAGUC UCGU AGGACUC C CAACACUGCUCCUUAUGUUCA^ - C UA AG - CGCA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Hru-Mir-216-P1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAUAUCAGCUGGUAAUCCUGAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Hru-Mir-216-P1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CAGGAUGCUGACUGAUAUAUGG -57
Get sequence
|
