| MirGeneDB ID | Lgi-Mir-216-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-216 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Owl limpet (Lottia gigantea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | lgi-mir-216b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lgi-Mir-216-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-216-P1 Aga-Mir-216-P1 Agr-Mir-216-P1 Asu-Mir-216-P1 Bge-Mir-216-P1 Cte-Mir-216-P1 Dan-Mir-216-P1 Dgr-Mir-216-P1 Dlo-Mir-216-P1 Dma-Mir-216-P1 Dme-Mir-216-P1 Dmo-Mir-216-P1 Dpu-Mir-216-P1 Dsi-Mir-216-P1 Dya-Mir-216-P1 Eba-Mir-216-P1 Efe-Mir-216-P1a Efe-Mir-216-P1b Esc-Mir-216-P1 Gpa-Mir-216-P1 Hme-Mir-216-P1 Hru-Mir-216-P1 Lan-Mir-216-P1e Lan-Mir-216-P1f Lhy-Mir-216-P1 Mgi-Mir-216-P1 Mom-Mir-216-P1 Ofu-Mir-216-P1 Pau-Mir-216-P1 Pca-Mir-216-P1 Pcr-Mir-216-P1 Pdu-Mir-216-P1 Pve-Mir-216-P1 Rph-Mir-216-P1 Sma-Mir-216-P1 Snu-Mir-216-P1 Tca-Mir-216-P1 War-Mir-216-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Lotgi1) |
LOTGIsca_22: 805723-805780 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-216-P1) |
Mir-216-P1
LOTGIsca_22: 805723-805780 [+]
Ensembl
Mir-216-P2d LOTGIsca_22: 807335-807401 [+] Ensembl Mir-12 LOTGIsca_22: 809271-809328 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUUUCCAAAAUGGUGGAGCACCUGGUUCUGUAAUAUCAGCUGGUAAUCCUGAGUUACUGAUUAUCUCAGGAUUUUGGUUGAUAUUAAACAAACAGGCUCGAUAUUCAACAGGCAGUUAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AUUUCCAAAAUGGUGGAGCA--| GUUCUG UG U UUACU CCUG UAAUAUCAGC G AAUCCUGAG \ GGAC AUUAUAGUUG U UUAGGACUC G AUUGACGGACAACUUAUAGCUC^ AAACAA GU - UAUUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Lgi-Mir-216-P1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0009589 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAUAUCAGCUGGUAAUCCUGAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Lgi-Mir-216-P1_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CAGGAUUUUGGUUGAUAUUAAA -58
Get sequence
|
