| MirGeneDB ID | Lhy-Mir-216-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-216 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Laevipilina (Monoplacophora) (Laevipilina hyalina) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lhy-Mir-216-P2c Lhy-Mir-216-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-216-P1 Aga-Mir-216-P1 Agr-Mir-216-P1 Asu-Mir-216-P1 Bge-Mir-216-P1 Cte-Mir-216-P1 Dan-Mir-216-P1 Dgr-Mir-216-P1 Dlo-Mir-216-P1 Dma-Mir-216-P1 Dme-Mir-216-P1 Dmo-Mir-216-P1 Dpu-Mir-216-P1 Dsi-Mir-216-P1 Dya-Mir-216-P1 Eba-Mir-216-P1 Efe-Mir-216-P1a Efe-Mir-216-P1b Esc-Mir-216-P1 Gpa-Mir-216-P1 Hme-Mir-216-P1 Hru-Mir-216-P1 Lan-Mir-216-P1e Lan-Mir-216-P1f Lgi-Mir-216-P1 Mgi-Mir-216-P1 Mom-Mir-216-P1 Ofu-Mir-216-P1 Pau-Mir-216-P1 Pca-Mir-216-P1 Pcr-Mir-216-P1 Pdu-Mir-216-P1 Pve-Mir-216-P1 Rph-Mir-216-P1 Sma-Mir-216-P1 Snu-Mir-216-P1 Tca-Mir-216-P1 War-Mir-216-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Mono_atcgn_nospaces) |
scaffold389854_29.2: 2936-2992 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-216-P1) |
Mir-216-P2c
scaffold389854_29.2: 2789-2847 [+]
Ensembl
Mir-216-P1 scaffold389854_29.2: 2936-2992 [+] Ensembl Mir-216-P2d scaffold389854_29.2: 3428-3487 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACGUUCUCUGACCGUGUCCGCCGGCUUUCUUAAUAUCAGCUGGUAAUCCUGAGGUAGCCUUCUCUCGGGAUGCCCGCUGAUACUAGGGAAGCUGCGCAAGUAGGCAAAUAUGGGCUGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 ACGUUCUCUGACCGUGUCC- -| A U A GUAG GC CGGCUUUCUUA UAUCAGC GGUA UCCUGAG C CG GUCGAAGGGAU AUAGUCG CCGU AGGGCUC C GUCGGGUAUAAACGGAUGAA C^ C C - UCUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Lhy-Mir-216-P1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAUAUCAGCUGGUAAUCCUGAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Lhy-Mir-216-P1_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CGGGAUGCCCGCUGAUACUAGG -57
Get sequence
|
