| MirGeneDB ID | Lhy-Mir-216-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-216 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Laevipilina (Monoplacophora) (Laevipilina hyalina) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lhy-Mir-216-P1 Lhy-Mir-216-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-216-P2 Aga-Mir-216-P2 Agr-Mir-216-P2c Asu-Mir-216-P2 Ava-Mir-216-P2 Bfl-Mir-216-P2 Bge-Mir-216-P2 Bko-Mir-216-P2 Bla-Mir-216-P2 Bpl-Mir-216-P2 Cbr-Mir-216-P2 Cel-Mir-216-P2 Csc-Mir-216-P2 Cte-Mir-216-P2c Dan-Mir-216-P2 Dgr-Mir-216-P2c Dlo-Mir-216-P2 Dma-Mir-216-P2 Dme-Mir-216-P2 Dmo-Mir-216-P2 Dpu-Mir-216-P2 Dsi-Mir-216-P2 Dya-Mir-216-P2 Eba-Mir-216-P2c Efe-Mir-216-P2c Hme-Mir-216-P2 Isc-Mir-216-P2 Llo-Mir-216-P2c Mom-Mir-216-P2c Npo-Mir-216-P2c Obi-Mir-216-P2c Ofu-Mir-216-P2c Ovu-Mir-216-P2c Pau-Mir-216-P2c Pca-Mir-216-P2 Snu-Mir-216-P2c Tca-Mir-216-P2 Tur-Mir-216-P2 War-Mir-216-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Mono_atcgn_nospaces) |
scaffold389854_29.2: 2789-2847 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-216-P2c) |
Mir-216-P2c
scaffold389854_29.2: 2789-2847 [+]
Ensembl
Mir-216-P1 scaffold389854_29.2: 2936-2992 [+] Ensembl Mir-216-P2d scaffold389854_29.2: 3428-3487 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUCUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGCAUUAACCGGCGUUUGAGCAUGCCUGUUUAAUCUCAGCUGGUAAAGCAGAGUGUCCUGGCCUCUCGACUUUGUCAGCAGAGGUUUGACGGUCCUCUCAGUGAUCGGCCGCCCGGGCAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CGCAUUAACCGGCGUUU---| CAU U U A GU CA UGUCC GAG GCC GUU AAUCUC GCUG AAAG GAG \ CUC UGG CAG UUGGAG CGAC UUUC CUC U ACGGGCCCGCCGGCUAGUGA^ UCC - U A UG AG UCCGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Lhy-Mir-216-P2c_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAUCUCAGCUGGUAAAGCAGAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Lhy-Mir-216-P2c_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CGACUUUGUCAGCAGAGGUUUGA -59
Get sequence
|
