MirGeneDB

137 Tribolium castaneum microRNA genes
Sort by genome coordinates Motifs Tissue expression
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Gene name MiRBase ID Family 5p accession 3p accession Chromosome Start End Strand Node of origin (gene) Node of origin (family) 3' NTU  UG  UGUG CNNC Ad Ea Em Em Em Em Em Oo
Tca-Bantam tca-bantam BANTAM MIMAT0019178 MIMAT0010091 LG3 16990366 16990425 + Protostomia Protostomia No
Tca-Iab-4 tca-mir-iab-4 IAB-4 MIMAT0008393 MIMAT0008394 LG2 7972006 7972063 - Arthropoda Arthropoda No 1
Tca-Let-7 tca-let-7 LET-7 MIMAT0008354 MIMAT0019098 LG6 4363426 4363492 + Bilateria Bilateria No 1 1
Tca-Mir-1 tca-mir-1 MIR-1 MIMAT0019092 MIMAT0008352 LG5 10584667 10584724 - Bilateria Bilateria No 1
Tca-Mir-2-o51-v1 tca-mir-2a MIR-2 MIMAT0019094 MIMAT0019095 LG3 561200 561258 + T. castaneum Protostomia No 1
Tca-Mir-2-o51-v2 tca-mir-2a MIR-2 MIMAT0019094 MIMAT0019095 LG3 561198 561260 + T. castaneum Protostomia No 1
Tca-Mir-2-o52-v1 tca-mir-2b MIR-2 MIMAT0019096 MIMAT0019097 LG3 561350 561410 + T. castaneum Protostomia No 1 1
Tca-Mir-2-o52-v2 tca-mir-2b MIR-2 MIMAT0019096 MIMAT0019097 LG3 561348 561412 + T. castaneum Protostomia No 1
Tca-Mir-2-o53-v1 tca-mir-2c MIR-2 MIMAT0019093 MIMAT0008353 LG3 560832 560890 + T. castaneum Protostomia No 1
Tca-Mir-2-o53-v2 tca-mir-2c MIR-2 MIMAT0019093 MIMAT0008353 LG3 560833 560889 + T. castaneum Protostomia No 1
Tca-Mir-2-o54 tca-mir-13a MIR-2 MIMAT0019103 MIMAT0008359 LG3 560954 561011 + T. castaneum Protostomia No 1 1
Tca-Mir-2-o55 tca-mir-13b MIR-2 MIMAT0019104 MIMAT0008360 LG3 561066 561124 + T. castaneum Protostomia No 1
Tca-Mir-2-o56a tca-mir-2944a MIR-2 MIMAT0018718 MIMAT0018719 LG3 15689938 15689994 + T. castaneum Protostomia No 1
Tca-Mir-2-o56b tca-mir-2944b MIR-2 MIMAT0018746 MIMAT0018747 LG5 7455840 7455901 + T. castaneum Protostomia No 1
Tca-Mir-2-o56c tca-mir-2944c MIR-2 MIMAT0018810 MIMAT0018811 LG9 10977 11036 - T. castaneum Protostomia No 1
Tca-Mir-7 tca-mir-7 MIR-7 MIMAT0008355 MIMAT0019099 LG7 1856524 1856585 + Bilateria Bilateria No 1 1
Tca-Mir-8 tca-mir-8 MIR-8 MIMAT0019100 MIMAT0008356 LG9 8781913 8781973 - Bilateria Bilateria No 1
Tca-Mir-9-o3 tca-mir-9a MIR-9 MIMAT0010090 MIMAT0019177 LGX 6011261 6011324 - T. castaneum Bilateria No 1 1
Tca-Mir-9-o4 tca-mir-9b MIR-9 MIMAT0019134 MIMAT0019135 KQ972687 113154 113211 - T. castaneum Bilateria No 1
Tca-Mir-9-o5 tca-mir-9c MIR-9 MIMAT0018714 MIMAT0018715 LG3 15689817 15689876 + T. castaneum Bilateria No 1
Tca-Mir-9-o6-v1 tca-mir-9d MIR-9 MIMAT0018748 MIMAT0018749 LG5 7455728 7455787 + T. castaneum Bilateria No 1
Tca-Mir-9-o6-v2 tca-mir-9d MIR-9 MIMAT0018748 MIMAT0018749 LG5 7455728 7455788 + T. castaneum Bilateria No 1
Tca-Mir-9-o7-v1 tca-mir-9e MIR-9 MIMAT0023581 MIMAT0023582 LG9 11087 11146 - T. castaneum Bilateria No 1 1
Tca-Mir-9-o7-v2 tca-mir-9e MIR-9 MIMAT0023581 MIMAT0023582 LG9 11088 11145 - T. castaneum Bilateria No 1 1
Tca-Mir-10-P1 tca-mir-10 MIR-10 MIMAT0008357 MIMAT0019101 LG2 8460383 8460442 + Bilateria Eumetazoa No 1
Tca-Mir-10-P2 tca-mir-100 MIR-10 MIMAT0008369 MIMAT0019113 LG6 4363294 4363349 + Bilateria Eumetazoa No 1
Tca-Mir-10-P3 tca-mir-125 MIR-10 MIMAT0008371 MIMAT0019115 LG6 4363618 4363677 + Bilateria Eumetazoa No 1
Tca-Mir-10-P4 tca-mir-993 MIR-10 MIMAT0019182 MIMAT0010094 LG2 8499393 8499454 - Protostomia Eumetazoa No
Tca-Mir-11-P1 tca-mir-11 MIR-11 MIMAT0018854 MIMAT0018855 LG5 7197519 7197576 + Endopterygota Endopterygota No 1 1
Tca-Mir-11-P2 tca-mir-308 MIR-11 MIMAT0018706 MIMAT0018707 LG2 4737006 4737062 - Endopterygota Endopterygota No 1 1
Tca-Mir-12 tca-mir-12 MIR-12 MIMAT0008358 MIMAT0019102 LG3 21686059 21686118 - Protostomia Protostomia No 1
Tca-Mir-14 tca-mir-14 MIR-14 MIMAT0019105 MIMAT0008361 LG3 2833776 2833833 + Pterygota Pterygota No 1
Tca-Mir-22-P2-v1 tca-mir-980 MIR-22 MIMAT0018864 MIMAT0018865 KQ972119 1428 1488 + T. castaneum Bilateria No 1 1
Tca-Mir-22-P2-v2 tca-mir-980 MIR-22 MIMAT0018864 MIMAT0018865 KQ972119 1429 1486 + T. castaneum Bilateria No 1 1
Tca-Mir-29-P1c tca-mir-995 MIR-29 MIMAT0018628 MIMAT0018629 LG10 5002382 5002440 + Pancrustacea Bilateria No 1
Tca-Mir-29-P1d tca-mir-998 MIR-29 MIMAT0018852 MIMAT0018853 LG5 7197706 7197758 + Pancrustacea Bilateria No
Tca-Mir-29-P2 tca-mir-29 MIR-29 MIMAT0018802 MIMAT0018803 LG9 3035860 3035918 + Bilateria Bilateria No
Tca-Mir-31 tca-mir-31 MIR-31 MIMAT0008362 MIMAT0019106 LG7 5938429 5938486 + Bilateria Bilateria No 1
Tca-Mir-33 tca-mir-33 MIR-33 MIMAT0008363 MIMAT0019107 LG4 8315299 8315354 - Bilateria Bilateria No 1 1
Tca-Mir-34 tca-mir-34 MIR-34 MIMAT0008364 MIMAT0019108 LG7 14503147 14503205 + Bilateria Bilateria No 1
Tca-Mir-36 tca-mir-3791 MIR-36 MIMAT0018882 MIMAT0018883 LG5 7457551 7457607 + Protostomia Protostomia No 1
Tca-Mir-67-v1 tca-mir-307 MIR-67 MIMAT0019129 MIMAT0008389 LG8 13556470 13556530 + T. castaneum Protostomia No 1
Tca-Mir-67-v2 tca-mir-307 MIR-67 MIMAT0019129 MIMAT0008389 LG8 13556470 13556530 + T. castaneum Protostomia No 1
Tca-Mir-67-v3 tca-mir-307 MIR-67 MIMAT0019129 MIMAT0008389 LG8 13556470 13556530 + T. castaneum Protostomia No 1
Tca-Mir-71 tca-mir-71 MIR-71 MIMAT0008365 MIMAT0019109 LG3 560714 560776 + Bilateria Bilateria No 1
Tca-Mir-76 tca-mir-981 MIR-76 None MIMAT0010098 LG4 3688104 3688160 + Bilateria Bilateria No 1
Tca-Mir-87-o18 tca-mir-87a MIR-87 MIMAT0019110 MIMAT0008366 LG6 1499347 1499409 + T. castaneum Protostomia No 1 1 1
Tca-Mir-87-o19 tca-mir-87b MIR-87 MIMAT0018768 MIMAT0018769 LG6 1502215 1502273 + T. castaneum Protostomia No 1 1
Tca-Mir-92-o40 tca-mir-92a MIR-92 MIMAT0019111 MIMAT0008367 LG8 3039003 3039061 + T. castaneum Bilateria No 1
Tca-Mir-92-o41 tca-mir-92b MIR-92 MIMAT0019112 MIMAT0008368 LG8 3039554 3039615 + T. castaneum Bilateria No 1
Tca-Mir-92-o42 tca-mir-92c MIR-92 MIMAT0018786 MIMAT0018787 LG7 1817556 1817612 + T. castaneum Bilateria No 1 1
Tca-Mir-96-P2 tca-mir-263b MIR-96 MIMAT0008378 MIMAT0019122 LG3 4855287 4855345 + Bilateria Bilateria No
Tca-Mir-96-P3 tca-mir-263a MIR-96 MIMAT0010093 MIMAT0019180 LG5 13500413 13500472 - Bilateria Bilateria No 1
Tca-Mir-124 tca-mir-124 MIR-124 MIMAT0019114 MIMAT0008370 LG5 13734458 13734515 - Bilateria Bilateria No
Tca-Mir-133 tca-mir-133 MIR-133 MIMAT0019116 MIMAT0008372 LG5 10558226 10558282 - Bilateria Bilateria No 1 1
Tca-Mir-137-v1 tca-mir-137 MIR-137 MIMAT0019117 MIMAT0008373 LG7 3734620 3734680 + Bilateria Bilateria No 1
Tca-Mir-137-v2 tca-mir-137 MIR-137 MIMAT0019117 MIMAT0008373 LG7 3734620 3734680 + Bilateria Bilateria No 1
Tca-Mir-184 tca-mir-184 MIR-184 MIMAT0019118 MIMAT0008374 LG7 12944304 12944360 + Bilateria Bilateria No 1
Tca-Mir-190 tca-mir-190 MIR-190 MIMAT0008375 MIMAT0019119 LG7 945898 945956 + Bilateria Bilateria No 1 1
Tca-Mir-193-P1 tca-mir-193 MIR-193 MIMAT0018896 MIMAT0018897 LG8 5228763 5228819 - Bilateria Bilateria No 1
Tca-Mir-193-P2 tca-mir-2788 MIR-193 MIMAT0018798 MIMAT0018799 LG8 5228629 5228689 - Bilateria Bilateria No
Tca-Mir-210-v1 tca-mir-210 MIR-210 MIMAT0019120 MIMAT0008376 LG4 7127336 7127398 - T. castaneum Bilateria No 1
Tca-Mir-210-v2 tca-mir-210 MIR-210 MIMAT0019120 MIMAT0008376 LG4 7127336 7127398 - T. castaneum Bilateria No 1
Tca-Mir-216-P1 tca-mir-3477 MIR-216 MIMAT0018736 MIMAT0018737 LG3 21686284 21686342 - Bilateria Bilateria No 1
Tca-Mir-216-P2 tca-mir-283 MIR-216 MIMAT0008387 MIMAT0019127 LG3 21690387 21690444 - Bilateria Bilateria No 1
Tca-Mir-219 tca-mir-219 MIR-219 MIMAT0008377 MIMAT0019121 LG3 5656978 5657037 + Bilateria Bilateria No 1
Tca-Mir-252-P1 tca-mir-252a MIR-252 MIMAT0018804 MIMAT0018805 LG9 7058373 7058428 + Bilateria Bilateria No
Tca-Mir-252-P2 tca-mir-252b MIR-252 MIMAT0018806 MIMAT0018807 LG9 7050461 7050518 + Bilateria Bilateria No 1 1
Tca-Mir-275 tca-mir-275 MIR-275 MIMAT0019123 MIMAT0008379 LG9 11129838 11129898 - Arthropoda Arthropoda No 1
Tca-Mir-276 tca-mir-276 MIR-276 MIMAT0008380 MIMAT0008381 LG3 12483938 12483995 - Panarthropoda Panarthropoda No 1
Tca-Mir-277 tca-mir-277 MIR-277 MIMAT0019124 MIMAT0008382 LG7 14498469 14498537 + Protostomia Protostomia No 1
Tca-Mir-279-o21 tca-mir-279a MIR-279 MIMAT0019125 MIMAT0008383 LG7 8213635 8213695 - T. castaneum Protostomia No 1
Tca-Mir-279-o22 tca-mir-279b MIR-279 MIMAT0019181 MIMAT0010201 LG5 444013 444072 + T. castaneum Protostomia No
Tca-Mir-279-o23 tca-mir-279c MIR-279 MIMAT0018730 MIMAT0018731 LG3 15690069 15690126 + T. castaneum Protostomia No 1
Tca-Mir-279-o24 tca-mir-279d MIR-279 MIMAT0018788 MIMAT0018789 LG7 8213507 8213566 - T. castaneum Protostomia No 1
Tca-Mir-279-o25 tca-mir-279e MIR-279 MIMAT0018816 MIMAT0018817 LG9 11214 11274 - T. castaneum Protostomia No 1
Tca-Mir-281 tca-mir-281 MIR-281 MIMAT0008384 MIMAT0008385 LG7 203928 203983 + Bilateria Bilateria No 1
Tca-Mir-282 tca-mir-282 MIR-282 MIMAT0008386 MIMAT0019126 LG7 12681808 12681866 - Mandibulata Mandibulata No 1
Tca-Mir-305 tca-mir-305 MIR-305 MIMAT0008388 MIMAT0019128 LG9 11129702 11129760 - Ecdysozoa Ecdysozoa No 1
Tca-Mir-309-P4 tca-mir-309a MIR-309 MIMAT0018750 MIMAT0018751 LG5 7455958 7456014 + T. castaneum Pancrustacea No 1
Tca-Mir-309-P5 tca-mir-309b MIR-309 MIMAT0018886 MIMAT0018887 LG5 7457453 7457508 + T. castaneum Pancrustacea No 1 1
Tca-Mir-309-P6 None MIR-309 None None LG5 7457335 7457391 + T. castaneum Pancrustacea No 1
Tca-Mir-315 tca-mir-315 MIR-315 MIMAT0010096 None LGX 1327607 1327665 - Bilateria Bilateria No 1
Tca-Mir-316 tca-mir-316 MIR-316 MIMAT0018716 MIMAT0018717 LG3 998672 998731 + Mandibulata Mandibulata No 1
Tca-Mir-317 tca-mir-317 MIR-317 MIMAT0019130 MIMAT0008390 LG7 14490230 14490291 + Protostomia Protostomia No 1
Tca-Mir-375 tca-mir-375 MIR-375 MIMAT0018794 MIMAT0018795 LG8 13678592 13678651 - Bilateria Bilateria No 1
Tca-Mir-750 tca-mir-750 MIR-750 MIMAT0018820 MIMAT0018821 LG4 9452255 9452313 + Protostomia Protostomia No 1
Tca-Mir-927-P1 tca-mir-927a MIR-927 MIMAT0008391 MIMAT0019131 LG9 12073274 12073331 + T. castaneum Pterygota No 1 1
Tca-Mir-927-P2 tca-mir-927b MIR-927 MIMAT0023579 MIMAT0023580 LG9 11684286 11684344 - T. castaneum Pterygota No 1 1
Tca-Mir-929 tca-mir-929 MIR-929 MIMAT0008395 MIMAT0019133 LG9 8050350 8050407 + Pterygota Pterygota No
Tca-Mir-932 tca-mir-932 MIR-932 MIMAT0008392 MIMAT0019132 LG5 14056897 14056957 - Endopterygota Endopterygota No 1
Tca-Mir-965 tca-mir-965 MIR-965 MIMAT0019183 MIMAT0010095 LG5 8315316 8315375 + Mandibulata Mandibulata No 1
Tca-Mir-970 tca-mir-970 MIR-970 MIMAT0019179 MIMAT0010092 LG2 10959586 10959647 + Endopterygota Endopterygota No 1
Tca-Mir-971 None MIR-971 None None LG4 238976 239037 + Pterygota Pterygota No 1 1
Tca-Mir-989 tca-mir-989 MIR-989 MIMAT0018822 MIMAT0018823 LG4 352055 352112 - Endopterygota Endopterygota No 1
Tca-Mir-1000 tca-mir-1000 MIR-1000 MIMAT0010097 MIMAT0019184 LG2 3329648 3329705 + Pterygota Pterygota No 1
Tca-Mir-1175 tca-mir-1175 MIR-1175 MIMAT0018818 MIMAT0018819 LG4 9452407 9452465 + Protostomia Protostomia No 1
Tca-Mir-2765 tca-mir-2765 MIR-2765 MIMAT0018630 MIMAT0018631 LG10 4187816 4187873 - Pancrustacea Pancrustacea No 1
Tca-Mir-2796 tca-mir-2796 MIR-2796 MIMAT0018712 MIMAT0018713 LG2 14711038 14711098 - Pterygota Pterygota No 1
Tca-Mir-3049 tca-mir-3049 MIR-3049 MIMAT0018776 MIMAT0018776 LG6 4828785 4828843 + Pterygota Pterygota No 1
Tca-Mir-3809 tca-mir-3809 MIR-3809 MIMAT0018640 MIMAT0018641 LGX 6585862 6585919 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3811-P1a tca-mir-3811a MIR-3811 MIMAT0018684 MIMAT0018685 LGX 6596442 6596505 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3811-P1b1 tca-mir-3811c-1 MIR-3811 MIMAT0018644 MIMAT0018645 LGX 6597433 6597496 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3811-P1b2 tca-mir-3811c-2 MIR-3811 MIMAT0018644 MIMAT0018645 LGX 6597098 6597161 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3811-P1c tca-mir-3811d MIR-3811 MIMAT0018650 MIMAT0018651 LGX 6597762 6597824 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3811-P1d tca-mir-3811e MIR-3811 MIMAT0018664 MIMAT0018665 LGX 6598335 6598398 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3811-P2 tca-mir-3806 MIR-3811 MIMAT0018634 MIMAT0018635 LGX 6598547 6598608 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3811-P3 tca-mir-3808 MIR-3811 MIMAT0018638 MIMAT0018639 LGX 6595867 6595926 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3814 tca-mir-3814 MIR-3814 MIMAT0018652 MIMAT0018653 LGX 6587955 6588013 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3820 tca-mir-3820 MIR-3820 MIMAT0018666 MIMAT0018667 LGX 6587625 6587682 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3821-v1 tca-mir-3821 MIR-3821 MIMAT0018668 MIMAT0018669 LGX 6586315 6586372 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3821-v2 tca-mir-3821 MIR-3821 MIMAT0018668 MIMAT0018669 LGX 6586315 6586372 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3822 tca-mir-3822 MIR-3822 MIMAT0018670 MIMAT0018671 LGX 6594368 6594426 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3824 tca-mir-3824 MIR-3824 MIMAT0018674 MIMAT0018675 LGX 6600300 6600356 + T. castaneum T. castaneum No 1 1
Tca-Mir-3825 tca-mir-3825 MIR-3825 MIMAT0018678 MIMAT0018679 LGX 6586009 6586065 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3840 tca-mir-3840 MIR-3840 MIMAT0018724 MIMAT0018725 LG3 15689698 15689754 + T. castaneum T. castaneum No
Tca-Mir-3841 tca-mir-3841 MIR-3841 MIMAT0018726 MIMAT0018727 LG3 15689576 15689634 + T. castaneum T. castaneum No 1 1
Tca-Mir-3842 tca-mir-3842 MIR-3842 MIMAT0018728 MIMAT0018729 LG3 559294 559352 + T. castaneum T. castaneum No
Tca-Mir-3843 tca-mir-3843 MIR-3843 MIMAT0018732 MIMAT0018733 LG3 15690171 15690228 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3849 tca-mir-3849 MIR-3849 MIMAT0018752 MIMAT0018753 LG5 5505646 5505710 + T. castaneum T. castaneum No 1 1
Tca-Mir-3853 tca-mir-3853 MIR-3853 MIMAT0018762 MIMAT0018763 LG5 5943323 5943381 - T. castaneum T. castaneum No
Tca-Mir-3862 tca-mir-3862 MIR-3862 MIMAT0018800 MIMAT0018801 LG9 14275678 14275733 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3863 tca-mir-3863 MIR-3863 MIMAT0018808 MIMAT0018809 LG9 14275784 14275842 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3893 tca-mir-3893 MIR-3893 MIMAT0018888 MIMAT0018889 LG5 7457235 7457292 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Novel-1-P1 None TCA-NOVEL-1 None None KQ971812 4386 4443 - T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Novel-1-P2 None TCA-NOVEL-1 None None LG2 1143177 1143235 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Novel-1-P3 None TCA-NOVEL-1 None None LG2 1147094 1147152 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Novel-1-P4a None TCA-NOVEL-1 None None KQ972170 24557 24615 + T. castaneum T. castaneum No 1 1
Tca-Novel-1-P4b None TCA-NOVEL-1 None None KQ972170 11882 11940 - T. castaneum T. castaneum No 1 1
Tca-Novel-2-P1 None TCA-NOVEL-2 None None KQ972170 7940 7998 - T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Novel-2-P2 None TCA-NOVEL-2 None None KQ972170 29392 29450 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Novel-2-P3 None TCA-NOVEL-2 None None LG2 374318 374376 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Novel-3 None TCA-NOVEL-3 None None LGX 6586742 6586801 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Novel-4 None TCA-NOVEL-4 None None LG3 1789933 1789990 - T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Novel-6 None TCA-NOVEL-6 None None LG6 273389 273446 - T. castaneum T. castaneum No
Tca-Novel-7-P1 None TCA-NOVEL-7 None None LG2 342479 342539 - T. castaneum T. castaneum No
Tca-Novel-7-P2 None TCA-NOVEL-7 None None LG2 364058 364118 - T. castaneum T. castaneum No

Get sequences for: precursor | 5p | 3p | mature | star | mature/star | loop | extend_pre | all

Get genome coordinates (GFF format)