MirGeneDB ID | Tca-Mir-2-P10b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAGGAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tca-mir-2944b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tca-Mir-2-P1-v1 Tca-Mir-2-P1-v2 Tca-Mir-2-P2e Tca-Mir-2-P2f Tca-Mir-2-P3-v1 Tca-Mir-2-P3-v2 Tca-Mir-2-P4-v1 Tca-Mir-2-P4-v2 Tca-Mir-2-P7 Tca-Mir-2-P8 Tca-Mir-2-P10a Tca-Mir-2-P10c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Asu-Mir-2-o10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tcas5.2) |
LG5: 7455840-7455901 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P10b) |
Mir-9-o9-v1
LG5: 7455728-7455787 [+]
Ensembl
Mir-9-o9-v2 LG5: 7455728-7455788 [+] Ensembl Mir-2-P10b LG5: 7455840-7455901 [+] Ensembl Mir-3-P4 LG5: 7455958-7456014 [+] Ensembl Mir-3893 LG5: 7457235-7457292 [+] Ensembl Mir-3-P6 LG5: 7457335-7457391 [+] Ensembl Mir-3-P5 LG5: 7457453-7457508 [+] Ensembl Mir-36 LG5: 7457551-7457607 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUCUGAAGACUUCAUUUCGCAUAAUGCAUUUAAGGAACUACAGGUGUGAUGUGUGAUUUCAUUAAACGUAUCACAGCCGUAGUUGCCUUACUGUAUUUGUGAAAUCUCAACAAAAUUCGAACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUCUGAAGACUUCAUUU----| U UU - A - UGAUUU CGCA AAUGCA UAAGG AACUAC GG UGUGAUGUG \ GUGU UUAUGU AUUCC UUGAUG CC ACACUAUGC C CAAGCUUAAAACAACUCUAAA^ - C- G - G AAAUUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Tca-Mir-2-P10b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0018746 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAAGGAACUACAGGUGUGAUGUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Co-mature sequence | Tca-Mir-2-P10b_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0018747 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UAUCACAGCCGUAGUUGCCUUACU -62
Get sequence
|