| MirGeneDB ID | Tni-Mir-9-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tni-mir-9-4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-9-P1a Tni-Mir-9-P1b Tni-Mir-9-P2b Tni-Mir-9-P3a Tni-Mir-9-P3b Tni-Mir-9-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-9-P4 Agr-Mir-9 Ami-Mir-9-P4 Bfl-Mir-9 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Cin-Mir-9 Cli-Mir-9-P4 Cmi-Mir-9-P4 Cpi-Mir-9-P4 Cte-Mir-9 Dgr-Mir-9 Dre-Mir-9-P4a Eba-Mir-9 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Gga-Mir-9-P4 Gja-Mir-9-P4 Gmo-Mir-9-P4a Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lch-Mir-9-P4 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Mal-Mir-9-P4a Mdo-Mir-9-P4 Mom-Mir-9 Mun-Mir-9-P4 Neu-Mir-9-P4 Npo-Mir-9 Oan-Mir-9-P4 Obi-Mir-9 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pau-Mir-9 Pbv-Mir-9-P4 Pdu-Mir-9 Pma-Mir-9-o4 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rph-Mir-9 Sha-Mir-9-P4 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spt-Mir-9-P4 Spu-Mir-9 Sto-Mir-9-P4 Tgu-Mir-9-P4 War-Mir-9 Xbo-Mir-9 Xtr-Mir-9-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
Un_random: 92040539-92040598 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCCCUUUAAGAGACGUGGGUUAGUUUUUAUCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGAGUUUAUGUAAUAUCAUAAAGCUAGAGAACCGAAUGUACAAACUAAUUCCGCAGCCGGCGGCUCAAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCCCCUUUAAGAGACGU--| U C A G GUUUA GGGUUAGUUU UAU UUUGGUU UCUAGCU UAUGA U CUUAAUCAAA AUG AAGCCAA AGAUCGA AUACU G CGAACUCGGCGGCCGACGC^ C U G A AUAAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut -1 on the 3p arm. CHECK THE P4S IN OTHER FISH | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tni-Mir-9-P4a_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0002911 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Tni-Mir-9-P4a_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AUAAAGCUAGAGAACCGAAUGUA -60
Get sequence
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