| MirGeneDB ID | Tni-Mir-9-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tni-mir-9-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-9-P1a Tni-Mir-9-P1b Tni-Mir-9-P2b Tni-Mir-9-P3a Tni-Mir-9-P4a Tni-Mir-9-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-9 Ami-Mir-9-P3 Bfl-Mir-9 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Bta-Mir-9-P3 Cfa-Mir-9-P3 Cin-Mir-9 Cja-Mir-9-P3 Cli-Mir-9-P3 Cpi-Mir-9-P3 Cpo-Mir-9-P3 Cte-Mir-9 Dgr-Mir-9 Dno-Mir-9-P3 Eba-Mir-9 Eca-Mir-9-P3 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Ete-Mir-9-P3 Gga-Mir-9-P3 Gja-Mir-9-P3 Gmo-Mir-9-P3b Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Hsa-Mir-9-P3 Isc-Mir-9 Laf-Mir-9-P3 Lan-Mir-9 Lch-Mir-9-P3 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Loc-Mir-9-P3 Mal-Mir-9-P3b Mdo-Mir-9-P3 Mml-Mir-9-P3 Mmr-Mir-9-P3 Mmu-Mir-9-P3 Mom-Mir-9 Mun-Mir-9-P3 Neu-Mir-9-P3 Npo-Mir-9 Oan-Mir-9-P3-v1 Obi-Mir-9 Ocu-Mir-9-P3 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pab-Mir-9-P3 Pau-Mir-9 Pbv-Mir-9-P3 Pdu-Mir-9 Pma-Mir-9-o3 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rno-Mir-9-P3 Rph-Mir-9 Sha-Mir-9-P3 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spt-Mir-9-P3 Spu-Mir-9 Tgu-Mir-9-P3 War-Mir-9 Xbo-Mir-9 Xtr-Mir-9-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
21_random: 1842694-1842755 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-9-P3b) |
Let-7-P1b2
21_random: 1794498-1794567 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-10-P3b2 21_random: 1797975-1798033 [+] UCSC Ensembl Mir-9-P3b 21_random: 1842694-1842755 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | CUUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGUGUGCAGGCCAGAGGGGUUGUCUGUUAUCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGAGUGACGUACAAUCUUCAUAAAGCUAGAUAACCGAAAGUAACAAGAAUCCCAUUACAUGUCUGCGAGGAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGUGUGCAGGCCAGAG--| UUG - UC G GUGACG GGG UCU GUUA UUUGGUUAUCUAGCU UAUGA U CCC AGA CAAU AAGCCAAUAGAUCGA AUACU A GAGGAGCGUCUGUACAUUA^ UA- A GA A UCUAAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut -1 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tni-Mir-9-P3b_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0002911 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Tni-Mir-9-P3b_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUAAAGCUAGAUAACCGAAAGUA -62
Get sequence
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