| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-9-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-9-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-9-P1a Gmo-Mir-9-P1b Gmo-Mir-9-P2b Gmo-Mir-9-P3a Gmo-Mir-9-P4a Gmo-Mir-9-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-9 Ami-Mir-9-P3 Bfl-Mir-9 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Bta-Mir-9-P3 Cfa-Mir-9-P3 Cin-Mir-9 Cja-Mir-9-P3 Cli-Mir-9-P3 Cpi-Mir-9-P3 Cpo-Mir-9-P3 Cte-Mir-9 Dgr-Mir-9 Dno-Mir-9-P3 Eba-Mir-9 Eca-Mir-9-P3 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Ete-Mir-9-P3 Gga-Mir-9-P3 Gja-Mir-9-P3 Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Hsa-Mir-9-P3 Isc-Mir-9 Laf-Mir-9-P3 Lan-Mir-9 Lch-Mir-9-P3 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Loc-Mir-9-P3 Mal-Mir-9-P3b Mdo-Mir-9-P3 Mml-Mir-9-P3 Mmr-Mir-9-P3 Mmu-Mir-9-P3 Mom-Mir-9 Mun-Mir-9-P3 Neu-Mir-9-P3 Npo-Mir-9 Oan-Mir-9-P3-v1 Obi-Mir-9 Ocu-Mir-9-P3 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pab-Mir-9-P3 Pau-Mir-9 Pbv-Mir-9-P3 Pdu-Mir-9 Pma-Mir-9-o3 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rno-Mir-9-P3 Rph-Mir-9 Sha-Mir-9-P3 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spt-Mir-9-P3 Spu-Mir-9 Tgu-Mir-9-P3 Tni-Mir-9-P3b War-Mir-9 Xbo-Mir-9 Xtr-Mir-9-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
contig74416: 161-222 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGUGACCAAGGCCUGAGGGGUUGUCUGUUAUCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGAGUGGCAUACAUUCUUCAUAAAGCUAGAUAACCGAAAGUAACAAGAAUCCCAUUACACGCUCGUCAGGCCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGUGACCAAGGCCUGAG--| UUG - UC G GUGGCA GGG UCU GUUA UUUGGUUAUCUAGCU UAUGA U CCC AGA CAAU AAGCCAAUAGAUCGA AUACU A CCGGACUGCUCGCACAUUA^ UA- A GA A UCUUAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There is a second Dicer cut -1 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Gmo-Mir-9-P3b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0044076 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Gmo-Mir-9-P3b_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0044077 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUAAAGCUAGAUAACCGAAAGUA -62
Get sequence
|
