| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-9-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-9-6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-9-P1a Gmo-Mir-9-P1b Gmo-Mir-9-P2b Gmo-Mir-9-P3a Gmo-Mir-9-P3b Gmo-Mir-9-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-9-P4 Agr-Mir-9 Ami-Mir-9-P4 Bfl-Mir-9 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Cin-Mir-9 Cli-Mir-9-P4 Cmi-Mir-9-P4 Cpi-Mir-9-P4 Cte-Mir-9 Dgr-Mir-9 Dre-Mir-9-P4b Eba-Mir-9 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Gga-Mir-9-P4 Gja-Mir-9-P4 Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lch-Mir-9-P4 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Mal-Mir-9-P4b Mdo-Mir-9-P4 Mom-Mir-9 Mun-Mir-9-P4 Neu-Mir-9-P4 Npo-Mir-9 Oan-Mir-9-P4 Obi-Mir-9 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pau-Mir-9 Pbv-Mir-9-P4 Pdu-Mir-9 Pma-Mir-9-o4 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rph-Mir-9 Sha-Mir-9-P4 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spt-Mir-9-P4 Spu-Mir-9 Sto-Mir-9-P4 Tgu-Mir-9-P4 Tni-Mir-9-P4b War-Mir-9 Xbo-Mir-9 Xtr-Mir-9-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_3660: 680877-680933 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCCUUUAAGAGACGACGGGUUAGUUUGUGUCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGAGUUUUAAUUUCAUAAAGCUAGAGAACCGAAAGUAUUAACUAAUCCCCAUGACUUCGGAGCCGUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCCCUUUAAGAGACGAC--| U UC A G GUUU GGGUUAGUU GUG UUUGGUU UCUAGCU UAUGA \ CCUAAUCAA UAU AAGCCAA AGAUCGA AUACU U GUGCCGAGGCUUCAGUACC^ U GA G A UUAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut -1 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gmo-Mir-9-P4b_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0044076 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Gmo-Mir-9-P4b_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044235 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- AUAAAGCUAGAGAACCGAAAGUA -57
Get sequence
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