| MirGeneDB ID | Oan-Mir-9-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Oan-Mir-9-P1 Oan-Mir-9-P2 Oan-Mir-9-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-9 Ami-Mir-9-P3 Bfl-Mir-9 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Bta-Mir-9-P3 Cfa-Mir-9-P3 Cin-Mir-9 Cja-Mir-9-P3 Cli-Mir-9-P3 Cpi-Mir-9-P3 Cpo-Mir-9-P3 Cte-Mir-9 Dgr-Mir-9 Dno-Mir-9-P3 Dre-Mir-9-P3a Eba-Mir-9 Eca-Mir-9-P3 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Ete-Mir-9-P3 Gga-Mir-9-P3 Gja-Mir-9-P3 Gmo-Mir-9-P3a Gmo-Mir-9-P3b Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Hsa-Mir-9-P3 Isc-Mir-9 Laf-Mir-9-P3 Lan-Mir-9 Lch-Mir-9-P3 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Loc-Mir-9-P3 Mal-Mir-9-P3a Mal-Mir-9-P3b Mdo-Mir-9-P3 Mml-Mir-9-P3 Mmr-Mir-9-P3 Mmu-Mir-9-P3 Mom-Mir-9 Mun-Mir-9-P3 Neu-Mir-9-P3 Npo-Mir-9 Obi-Mir-9 Ocu-Mir-9-P3 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pab-Mir-9-P3 Pau-Mir-9 Pbv-Mir-9-P3 Pdu-Mir-9 Pma-Mir-9-o3 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rno-Mir-9-P3 Rph-Mir-9 Sha-Mir-9-P3 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spt-Mir-9-P3 Spu-Mir-9 Tgu-Mir-9-P3 Tni-Mir-9-P3a Tni-Mir-9-P3b War-Mir-9 Xbo-Mir-9 Xla-Mir-9-P3c Xla-Mir-9-P3d Xtr-Mir-9-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041753.1: 164722-164782 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-9-P3-v1) |
Mir-1362
NC_041753.1: 161271-161330 [-]
Mir-9-P3-v1 NC_041753.1: 164722-164782 [-] Mir-9-P3-v2 NC_041753.1: 164723-164780 [-] |
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| Variant | Oan-Mir-9-P3-v1 |
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| Seed | CUUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGGCGCGCCCGUGUCCGGGGUUGGUUGUUGUCUUUGGUUACCCAGCUGUAUGAGCGAGGUGCGAUCCCAUAAAGCUGGCUAACCGAAAGGAAAAACAGCCCGAGUUCACGCCACCGACGCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGGCGCGCCCGUGUCCG---| GUUG GU - C G AGCGAGG GGGUUG UU CUUU GGUUA CCAGCU UAUG \ CCCGAC AA GAAA CCAAU GGUCGA AUAC U CCGCAGCCACCGCACUUGAG^ AA-- AG G C A CCUAGCG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Oan-Mir-9-P3-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUUUGGUUACCCAGCUGUAUGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Oan-Mir-9-P3-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AUAAAGCUGGCUAACCGAAAGGA -61
Get sequence
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| Variant | Oan-Mir-9-P3-v2 |
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| Seed | UUGGUUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCGCGCCCGUGUCCGGGGUUGGUUGUUGUCUUUGGUUACCCAGCUGUAUGAGCGAGGUGCGAUCCCAUAAAGCUGGCUAACCGAAAGGAAAAACAGCCCGAGUUCACGCCACCGACGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCGCGCCCGUGUCCGGGGUU G- --| C G AGCGAGG GGUUGUU UCU UUGGUUA CCAGCU UAUG \ CCGACAA AGG AGCCAAU GGUCGA AUAC U CGCAGCCACCGCACUUGAGC AA AA^ C A CCUAGCG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Oan-Mir-9-P3-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUGGUUACCCAGCUGUAUGA -21
Get sequence
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| Star sequence | Oan-Mir-9-P3-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AUAAAGCUGGCUAACCGAAAGG -58
Get sequence
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