| MirGeneDB ID | Tni-Let-7-P1b2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Let-7-P1b1 Tni-Let-7-P1d1 Tni-Let-7-P1d2 Tni-Let-7-P2a2a Tni-Let-7-P2a2b Tni-Let-7-P2a3a Tni-Let-7-P2a3b Tni-Let-7-P2a4a Tni-Let-7-P2a4b Tni-Let-7-P2b2a Tni-Let-7-P2b2b Tni-Let-7-P2b3a Tni-Let-7-P2b3b Tni-Let-7-P2b4a Tni-Let-7-P2b4b Tni-Let-7-P2c2a Tni-Let-7-P2c2b Tni-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P1b Ami-Let-7-P1b Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P1b Cfa-Let-7-P1b Cgi-Let-7 Cin-Let-7-P1 Cpi-Let-7-P1b Cpo-Let-7-P1b Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P1b2 Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P1b Gja-Let-7-P1b Gmo-Let-7-P1b2 Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P1b Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P1b Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P1b Mal-Let-7-P1b2 Mdo-Let-7-P1b Mml-Let-7-P1b Mmu-Let-7-P1b Mun-Let-7-P1b Npo-Let-7 Oan-Let-7-P1b Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P1b Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P1b Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P1b Sha-Let-7-P1b Sko-Let-7 Spt-Let-7-P1b Spu-Let-7 Sto-Let-7-P1b Tca-Let-7 Xbo-Let-7 Xtr-Let-7-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
21_random: 1794498-1794567 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P1b2) |
Mir-10-P3b2
21_random: 1797975-1798033 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-9-P3b 21_random: 1842694-1842755 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGGGAGGCCCCGCUCCAGUGCUCUGCAGGGUGAGGUAGUUGGUUGUAUGGUUUCGCAUCAUAAAGAGCCUGGAGAUAACUGUACAACCUUCUAGCUUUCCCUGCGGUGUCACCCAGACGUCACGGGAGCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGGGAGGCCCCGCUCCA- -|U U G UU UCGCAUCAUAA GUG C CUGCAGGG GAG UAG GGUUGUAUGGUU A CAC G GGCGUCCC UUC AUC CCAACAUGUCAA G UCGAGGGCACUGCAGACC U^U U G UU UAGAGGUCCGA . 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tni-Let-7-P1b2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGGUAGUUGGUUGUAUGGUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tni-Let-7-P1b2_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
48- CUGUACAACCUUCUAGCUUUCC -70
Get sequence
|
