| MirGeneDB ID | Tni-Let-7-P2a4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Let-7-P1b1 Tni-Let-7-P1b2 Tni-Let-7-P1d1 Tni-Let-7-P1d2 Tni-Let-7-P2a2a Tni-Let-7-P2a2b Tni-Let-7-P2a3a Tni-Let-7-P2a3b Tni-Let-7-P2a4a Tni-Let-7-P2b2a Tni-Let-7-P2b2b Tni-Let-7-P2b3a Tni-Let-7-P2b3b Tni-Let-7-P2b4a Tni-Let-7-P2b4b Tni-Let-7-P2c2a Tni-Let-7-P2c2b Tni-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2a4 Ami-Let-7-P2a4 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Cgi-Let-7 Cli-Let-7-P2a4 Cmi-Let-7-P2a4 Cpi-Let-7-P2a4 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2a4a Dre-Let-7-P2a4b Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Gga-Let-7-P2a4 Gja-Let-7-P2a4 Gmo-Let-7-P2a4a Gmo-Let-7-P2a4b Hme-Let-7 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2a4 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2a4 Mal-Let-7-P2a4a Mal-Let-7-P2a4b Mun-Let-7-P2a4 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2a4 Obi-Let-7 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2a4 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2a4 Spu-Let-7 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2a4 Xbo-Let-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
11: 8661962-8662032 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCUACCUACCAAGGUUUCUGUCCUUAAGGCUGAGGUAGUAGAUUGAAUAGUUGUGGGGUUUGGUCCUCCCUCUGAGAUAACUAUACAGUCUACUGUCUUUCCUAAGGAGACAGACUGACCCACCAUGAAGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUACCUACCAAGGUUU- -| A CU GU A GUGGGGUUUGGU CUGUC CUU AGG GAG AGUAGAUUG AUAGUU C GACAG GGA UCC UUC UCAUCUGAC UAUCAA C UGAAGUACCACCCAGUCA A^ A U- UG A UAGAGUCUCCCU . 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tni-Let-7-P2a4b_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGGUAGUAGAUUGAAUAGUU -22
Get sequence
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| Star sequence | Tni-Let-7-P2a4b_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
50- CUAUACAGUCUACUGUCUUUC -71
Get sequence
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