| MirGeneDB ID | Pbv-Let-7-P2a4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Burmese python (Python bivittatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | pbv-let-7e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pbv-Let-7-P1b Pbv-Let-7-P1c Pbv-Let-7-P1d Pbv-Let-7-P2a1 Pbv-Let-7-P2a2 Pbv-Let-7-P2a3 Pbv-Let-7-P2b1 Pbv-Let-7-P2b2 Pbv-Let-7-P2b3 Pbv-Let-7-P2b4 Pbv-Let-7-P2c1 Pbv-Let-7-P2c2 Pbv-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2a4 Ami-Let-7-P2a4 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Cgi-Let-7 Cli-Let-7-P2a4 Cmi-Let-7-P2a4 Cpi-Let-7-P2a4 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2a4a Dre-Let-7-P2a4b Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Gga-Let-7-P2a4 Gja-Let-7-P2a4 Gmo-Let-7-P2a4a Gmo-Let-7-P2a4b Hme-Let-7 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2a4 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2a4 Mal-Let-7-P2a4a Mal-Let-7-P2a4b Mun-Let-7-P2a4 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2a4 Obi-Let-7 Ovu-Let-7 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2a4 Spu-Let-7 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2a4 Tni-Let-7-P2a4a Tni-Let-7-P2a4b Xbo-Let-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000186305.2_Python_molurus_bivittatus) |
KE953223.1: 218880-218950 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2a4) |
Let-7-P2a4
KE953223.1: 218880-218950 [+]
Let-7-P2b4 KE953223.1: 219107-219183 [+] |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGACCAUCGAAACAAUGCUGUCCUUGAGGCUGAGGUAGUAGAUUGAAUAGUUGUGGAGCCAUCUUCUCCCUUUGAGCUAACUAUACAAUCUACUGUCUUUCCUAAGGAGGCAGUCAGUUCAUCUGCUCCUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGACCAUCGAAACAAUG- -| G CU GU A GUGGAGCCAUCU CUGUC CUU AGG GAG AGUAGAUUG AUAGUU U GACGG GGA UCC UUC UCAUCUAAC UAUCAA C AUCCUCGUCUACUUGACU A^ A U- UG A UCGAGUUUCCCU . 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There are Dicer cuts -1 on both arms and -2 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pbv-Let-7-P2a4_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0038803 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGGUAGUAGAUUGAAUAGUU -22
Get sequence
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| Star sequence | Pbv-Let-7-P2a4_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038804 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
50- CUAUACAAUCUACUGUCUUUC -71
Get sequence
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