MirGeneDB ID | Tgu-Let-7-P2a4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tgu-let-7e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tgu-Let-7-P1c Tgu-Let-7-P1d Tgu-Let-7-P2a1 Tgu-Let-7-P2a2 Tgu-Let-7-P2a3 Tgu-Let-7-P2b1 Tgu-Let-7-P2b2 Tgu-Let-7-P2b4 Tgu-Let-7-P2c1 Tgu-Let-7-P2c2 Tgu-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2a4 Ami-Let-7-P2a4 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Cgi-Let-7 Cli-Let-7-P2a4 Cmi-Let-7-P2a4 Cpi-Let-7-P2a4 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2a4a Dre-Let-7-P2a4b Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Gga-Let-7-P2a4 Gja-Let-7-P2a4 Gmo-Let-7-P2a4a Gmo-Let-7-P2a4b Hme-Let-7 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2a4 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2a4 Mal-Let-7-P2a4a Mal-Let-7-P2a4b Mun-Let-7-P2a4 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2a4 Obi-Let-7 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2a4 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2a4 Spu-Let-7 Tca-Let-7 Tni-Let-7-P2a4a Tni-Let-7-P2a4b Xbo-Let-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (TaeGut1_add) |
26: 4383667-4383737 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2a4) |
Let-7-P2a4
26: 4383667-4383737 [+]
UCSC
Ensembl
Let-7-P2b4 26: 4383853-4383930 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCUGCCAUGGUCCCAAGCUGUCCUUGAGGCUGAGGUAGUAGAUUGAAUAGUUGUGGAGUCUGGUCCUCCCUCUGAGCUAACUAUACAAUCUACUGUCUUUCCUAAGGAGACAGUCAGGUCUUCAGGUCUGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUGCCAUGGUCCCAAG- -| G CU GU A GUGGAGUCUGGU CUGUC CUU AGG GAG AGUAGAUUG AUAGUU C GACAG GGA UCC UUC UCAUCUAAC UAUCAA C CGUCUGGACUUCUGGACU A^ A U- UG A UCGAGUCUCCCU . 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Tgu-Let-7-P2a4_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0014518 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGAUUGAAUAGUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Tgu-Let-7-P2a4_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0026982 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
50- CUAUACAAUCUACUGUCUUUC -71
Get sequence
|