MirGeneDB ID | Cfa-Let-7-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-let-7e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Let-7-P1c Cfa-Let-7-P1d Cfa-Let-7-P2a1 Cfa-Let-7-P2a2 Cfa-Let-7-P2a3 Cfa-Let-7-P2b1 Cfa-Let-7-P2b2 Cfa-Let-7-P2b3 Cfa-Let-7-P2c1 Cfa-Let-7-P2c2 Cfa-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P1b Ami-Let-7-P1b Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P1b Cgi-Let-7 Cin-Let-7-P1 Cpi-Let-7-P1b Cpo-Let-7-P1b Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P1b1 Dre-Let-7-P1b2 Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P1b Gja-Let-7-P1b Gmo-Let-7-P1b1 Gmo-Let-7-P1b2 Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P1b Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P1b Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P1b Mal-Let-7-P1b1 Mal-Let-7-P1b2 Mdo-Let-7-P1b Mml-Let-7-P1b Mmu-Let-7-P1b Mun-Let-7-P1b Npo-Let-7 Oan-Let-7-P1b Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P1b Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P1b Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P1b Sha-Let-7-P1b Sko-Let-7 Spt-Let-7-P1b Spu-Let-7 Sto-Let-7-P1b Tca-Let-7 Tni-Let-7-P1b1 Tni-Let-7-P1b2 Xbo-Let-7 Xla-Let-7-P1b3 Xla-Let-7-P1b4 Xtr-Let-7-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr1: 105400740-105400806 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P1b) |
Mir-10-P3b
chr1: 105400273-105400332 [-]
UCSC
Ensembl
Let-7-P1b chr1: 105400740-105400806 [-] UCSC Ensembl Mir-10-P2b chr1: 105400925-105400984 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUGUCUGUCCACCUGCCGCGCCCCCCGGGCUGAGGUAGGAGGUUGUAUAGUUGAGGAGGACACCCACGGAGAUCACUAUACGGCCUCCUAGCUUUCCCCAGGCUGCGCCCUGCACGGGACGCCCGGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGUCUGUCCACCUGCC--| CC C CU G UGAGGAGGACA GCGC CC GGG GAG UAGGAGGUUGUAUAGU \ CGCG GG CCC UUC AUCCUCCGGCAUAUCA C CGGCCCGCAGGGCACGUCC^ UC A CU G CUAGAGGCACC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cfa-Let-7-P1b_5p |
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mirBase accession | MIMAT0006608 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGGAGGUUGUAUAGUU -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-let-7e miRDB: MIMAT0006608 |
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Star sequence | Cfa-Let-7-P1b_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
45- CUAUACGGCCUCCUAGCUUUCC -67
Get sequence
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