MirGeneDB ID | Bta-Let-7-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bta-let-7e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bta-Let-7-P1c Bta-Let-7-P1d Bta-Let-7-P2a1 Bta-Let-7-P2a2 Bta-Let-7-P2a3 Bta-Let-7-P2b1 Bta-Let-7-P2b2 Bta-Let-7-P2b3 Bta-Let-7-P2c1 Bta-Let-7-P2c2 Bta-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P1b Ami-Let-7-P1b Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Cfa-Let-7-P1b Cgi-Let-7 Cin-Let-7-P1 Cpi-Let-7-P1b Cpo-Let-7-P1b Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P1b1 Dre-Let-7-P1b2 Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P1b Gja-Let-7-P1b Gmo-Let-7-P1b1 Gmo-Let-7-P1b2 Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P1b Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P1b Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P1b Mal-Let-7-P1b1 Mal-Let-7-P1b2 Mdo-Let-7-P1b Mml-Let-7-P1b Mmu-Let-7-P1b Mun-Let-7-P1b Npo-Let-7 Oan-Let-7-P1b Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P1b Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P1b Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P1b Sha-Let-7-P1b Sko-Let-7 Spt-Let-7-P1b Spu-Let-7 Sto-Let-7-P1b Tca-Let-7 Tni-Let-7-P1b1 Tni-Let-7-P1b2 Xbo-Let-7 Xla-Let-7-P1b3 Xla-Let-7-P1b4 Xtr-Let-7-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037345.1: 57689065-57689131 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P1b) |
Mir-10-P2b
NC_037345.1: 57688896-57688955 [+]
UCSC
Ensembl
Let-7-P1b NC_037345.1: 57689065-57689131 [+] UCSC Ensembl Mir-10-P3b NC_037345.1: 57689571-57689630 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUGUCUGUCCACCUGCCGCGCCCCCCGGGCUGAGGUAGGAGGUUGUAUAGUUGAGGAGGACACCCAAGGAGAUCACUAUACGGCCUCCUAGCUUUCCCCAGGCUGCGCCCUGCACGGGACGGCCCGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGUCUGUCCACCUGCC--| CC C CU G UGAGGAGGACA GCGC CC GGG GAG UAGGAGGUUGUAUAGU \ CGCG GG CCC UUC AUCCUCCGGCAUAUCA C GGCCCGGCAGGGCACGUCC^ UC A CU G CUAGAGGAACC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Bta-Let-7-P1b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0004333 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGGAGGUUGUAUAGUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: bta-let-7e |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Bta-Let-7-P1b_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
45- CUAUACGGCCUCCUAGCUUUCC -67
Get sequence
|