| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-27-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-27 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-27b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-27-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-27-P2 Ami-Mir-27-P2 Bta-Mir-27-P2 Cfa-Mir-27-P2 Cja-Mir-27-P2 Cli-Mir-27-P2 Cmi-Mir-27-P2 Cpi-Mir-27-P2 Cpo-Mir-27-P2 Dno-Mir-27-P2 Dre-Mir-27-P2a Dre-Mir-27-P2b Eca-Mir-27-P2 Ete-Mir-27-P2 Gga-Mir-27-P2 Gja-Mir-27-P2 Gmo-Mir-27-P2b Hsa-Mir-27-P2 Laf-Mir-27-P2 Lch-Mir-27-P2 Loc-Mir-27-P2 Mal-Mir-27-P2a Mal-Mir-27-P2b Mml-Mir-27-P2 Mmr-Mir-27-P2 Mmu-Mir-27-P2 Mun-Mir-27-P2 Neu-Mir-27-P2 Oan-Mir-27-P2 Ocu-Mir-27-P2 Pab-Mir-27-P2 Pbv-Mir-27-P2 Pma-Mir-27-o2 Rno-Mir-27-P2 Sha-Mir-27-P2 Spt-Mir-27-P2 Sto-Mir-27-P2 Tgu-Mir-27-P2 Tni-Mir-27-P2b Xla-Mir-27-P2c Xla-Mir-27-P2d Xtr-Mir-27-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
6: 17696108-17696170 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-27-P2) |
Mir-23-P2
6: 17695908-17695968 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P2 6: 17696108-17696170 [+] UCSC Ensembl Mir-24-P2 6: 17696509-17696568 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UCACAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUCGGAGGACGACCUCUCUGACAAGGUGCAGAGCUUAGCCGAUUGGUGAACAGUCACUGAUUUCCUCUUUGUUCACAGUGGCUAAGUUCUGCACCUGAAGAGAAGGGGAGAUGGGACGUCUGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUCGGAGGACGACCUC----| GACA AUUG GUCACUGA UCU AGGUGCAGAGCUUAGCCG GUGAACA \ AGA UCCACGUCUUGAAUCGGU CACUUGU U GUCUGCAGGGUAGAGGGGAAG^ AG-- GA-- UUCUCCUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mdo-Mir-27-P2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0026714 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGAGCUUAGCCGAUUGGUGAACA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-27b-5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mdo-Mir-27-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0004177 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UUCACAGUGGCUAAGUUCUGC -63
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-27b-3p |
