MirGeneDB ID | Gmo-Mir-27-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-27 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gmo-mir-27b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gmo-Mir-27-P1 Gmo-Mir-27-P3 Gmo-Mir-27-P4a Gmo-Mir-27-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-27-P2 Ami-Mir-27-P2 Bta-Mir-27-P2 Cfa-Mir-27-P2 Cja-Mir-27-P2 Cli-Mir-27-P2 Cmi-Mir-27-P2 Cpi-Mir-27-P2 Cpo-Mir-27-P2 Dno-Mir-27-P2 Dre-Mir-27-P2b Eca-Mir-27-P2 Ete-Mir-27-P2 Gga-Mir-27-P2 Gja-Mir-27-P2 Hsa-Mir-27-P2 Laf-Mir-27-P2 Lch-Mir-27-P2 Loc-Mir-27-P2 Mal-Mir-27-P2b Mdo-Mir-27-P2 Mml-Mir-27-P2 Mmr-Mir-27-P2 Mmu-Mir-27-P2 Mun-Mir-27-P2 Neu-Mir-27-P2 Oan-Mir-27-P2 Ocu-Mir-27-P2 Pab-Mir-27-P2 Pbv-Mir-27-P2 Pma-Mir-27-o2 Rno-Mir-27-P2 Sha-Mir-27-P2 Spt-Mir-27-P2 Sto-Mir-27-P2 Tgu-Mir-27-P2 Tni-Mir-27-P2b Xtr-Mir-27-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
contig145249: 115-177 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCACAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCGCUGUAACCUCUGUCUCCAGCCAGGUGCAGAGCUUAGCUGAUUGGUGAACAGUGAUUGAUCUCCUCUUUGUUCACAGUGGCUAAGUUCUGCACCUGAGGAGAGCAUGACCCUGAGCACCAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCGCUGUAACCUCUGUC----| AGC AUUG GUGAUUGA UCC CAGGUGCAGAGCUUAGCUG GUGAACA \ AGG GUCCACGUCUUGAAUCGGU CACUUGU U GACCACGAGUCCCAGUACGAG^ A-- GA-- UUCUCCUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Gmo-Mir-27-P2b_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0044008 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGAGCUUAGCUGAUUGGUGAACA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Gmo-Mir-27-P2b_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0044009 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- UUCACAGUGGCUAAGUUCUGC -63
Get sequence
|