| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-27-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-27 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UCACAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-27b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cfa-Mir-27-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-27-P2 Ami-Mir-27-P2 Bta-Mir-27-P2 Cli-Mir-27-P2 Cmi-Mir-27-P2 Cpi-Mir-27-P2 Cpo-Mir-27-P2 Dno-Mir-27-P2 Dre-Mir-27-P2a Dre-Mir-27-P2b Ete-Mir-27-P2 Gga-Mir-27-P2 Gja-Mir-27-P2 Gmo-Mir-27-P2b Hsa-Mir-27-P2 Lch-Mir-27-P2 Loc-Mir-27-P2 Mal-Mir-27-P2a Mal-Mir-27-P2b Mdo-Mir-27-P2 Mml-Mir-27-P2 Mmu-Mir-27-P2 Mun-Mir-27-P2 Oan-Mir-27-P2 Ocu-Mir-27-P2 Pbv-Mir-27-P2 Pma-Mir-27-o2 Rno-Mir-27-P2 Sha-Mir-27-P2 Spt-Mir-27-P2 Sto-Mir-27-P2 Tgu-Mir-27-P2 Tni-Mir-27-P2b Xla-Mir-27-P2c Xla-Mir-27-P2d Xtr-Mir-27-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr1: 71678117-71678179 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-27-P2) |
Mir-24-P2
chr1: 71677609-71677668 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P2 chr1: 71678117-71678179 [-] UCSC Ensembl Mir-23-P2 chr1: 71678349-71678408 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCCCAACCGACGACCUCUCUGCCGAGGUGCAGAGCUUAGCUGAUUGGUGAACAGUGACUGGUUUCCGCUUUGUUCACAGUGGCUAAGUUCUGCACCUGAAGAGAAGGUGAGAUGGGGACAGUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCCAACCGACGACCUC----| GC G AUUG GUGACUGG UCU C AGGUGCAGAGCUUAGCUG GUGAACA \ AGA G UCCACGUCUUGAAUCGGU CACUUGU U UUGACAGGGGUAGAGUGGAAG^ A- - GA-- UUCGCCUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cfa-Mir-27-P2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGAGCUUAGCUGAUUGGUGAACA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cfa-Mir-27-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0006613 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UUCACAGUGGCUAAGUUCUGC -63
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-27b miRDB: MIMAT0006613 |
