| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-27-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-27 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UCACAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-27b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmu-Mir-27-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-27-P2 Ami-Mir-27-P2 Bta-Mir-27-P2 Cfa-Mir-27-P2 Cli-Mir-27-P2 Cmi-Mir-27-P2 Cpi-Mir-27-P2 Cpo-Mir-27-P2 Dno-Mir-27-P2 Dre-Mir-27-P2a Dre-Mir-27-P2b Ete-Mir-27-P2 Gga-Mir-27-P2 Gja-Mir-27-P2 Gmo-Mir-27-P2b Hsa-Mir-27-P2 Lch-Mir-27-P2 Loc-Mir-27-P2 Mal-Mir-27-P2a Mal-Mir-27-P2b Mdo-Mir-27-P2 Mml-Mir-27-P2 Mun-Mir-27-P2 Oan-Mir-27-P2 Ocu-Mir-27-P2 Pbv-Mir-27-P2 Pma-Mir-27-o2 Rno-Mir-27-P2 Sha-Mir-27-P2 Spt-Mir-27-P2 Sto-Mir-27-P2 Tgu-Mir-27-P2 Tni-Mir-27-P2b Xla-Mir-27-P2c Xla-Mir-27-P2d Xtr-Mir-27-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr13: 63300718-63300780 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-27-P2) |
Mir-23-P2
chr13: 63300492-63300551 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P2 chr13: 63300718-63300780 [+] UCSC Ensembl Mir-24-P2 chr13: 63301213-63301272 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGGCCGGCGAUGACCUCUCUAACAAGGUGCAGAGCUUAGCUGAUUGGUGAACAGUGAUUGGUUUCCGCUUUGUUCACAGUGGCUAAGUUCUGCACCUGAAGAGAAGGUGAGAUGGGGACAGUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGGCCGGCGAUGACCUC--| AACA AUUG GUGAUUGG UCU AGGUGCAGAGCUUAGCUG GUGAACA \ AGA UCCACGUCUUGAAUCGGU CACUUGU U UUGACAGGGGUAGAGUGGA^ GAAG GA-- UUCGCCUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mmu-Mir-27-P2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0004522 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGAGCUUAGCUGAUUGGUGAACA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004522 TargetScanVert: mmu-miR-27b-5p miRDB: MIMAT0004522 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mmu-Mir-27-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0000126 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UUCACAGUGGCUAAGUUCUGC -63
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000126 TargetScanVert: mmu-miR-27b-3p miRDB: MIMAT0000126 |
