| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-27-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-27 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-27a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-27-P1 Gmo-Mir-27-P2b Gmo-Mir-27-P3 Gmo-Mir-27-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cmi-Mir-27-P4 Dre-Mir-27-P4a Lch-Mir-27-P4 Loc-Mir-27-P4 Mal-Mir-27-P4a Sto-Mir-27-P4 Tni-Mir-27-P4a Xtr-Mir-27-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_1112: 350547-350610 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-27-P4a) |
Mir-24-P4a
GeneScaffold_1112: 349423-349481 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P4a GeneScaffold_1112: 350547-350610 [-] UCSC Ensembl Mir-23-P4a GeneScaffold_1112: 351353-351416 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | UCACAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCGAGCGAGCCAGUGAGUCGCCCAGGGCACAGAGCUUAGCUAAUUGGUGAGCAUUGAUCCCUGCAAUGUGUUGUUCACAGUGGCUAAGUUCAGUGCCCGAGGUGAAAUAGAUGAUGGUGUCGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCGAGCGAGCCAGUGAG--| CA A AUUG AUUGAUCCC UCGCC GGGCAC GAGCUUAGCUA GUGAGC U AGUGG CCCGUG CUUGAAUCGGU CACUUG G CAGCUGUGGUAGUAGAUAA^ AG A GA-- UUGUGUAAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-27-P4a_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044101 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGAGCUUAGCUAAUUGGUGAGC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Gmo-Mir-27-P4a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044102 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UUCACAGUGGCUAAGUUCAGU -64
Get sequence
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