| MirGeneDB ID | Ami-Mir-30-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-30d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-30-P1b Ami-Mir-30-P1d Ami-Mir-30-P2a Ami-Mir-30-P2b Ami-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-30-P1a Bta-Mir-30-P1a Cfa-Mir-30-P1a Cja-Mir-30-P1a Cli-Mir-30-P1a Cmi-Mir-30-P1a Cpi-Mir-30-P1a Cpo-Mir-30-P1a Dno-Mir-30-P1a Dre-Mir-30-P1a Eca-Mir-30-P1a Ete-Mir-30-P1a Gga-Mir-30-P1a Gja-Mir-30-P1a Gmo-Mir-30-P1a Hsa-Mir-30-P1a Laf-Mir-30-P1a Lch-Mir-30-P1a Loc-Mir-30-P1a Mal-Mir-30-P1a Mdo-Mir-30-P1a Mml-Mir-30-P1a Mmr-Mir-30-P1a Mmu-Mir-30-P1a Mun-Mir-30-P1a Neu-Mir-30-P1a Oan-Mir-30-P1a Ocu-Mir-30-P1a Pab-Mir-30-P1a Pbv-Mir-30-P1a Rno-Mir-30-P1a Sha-Mir-30-P1a Spt-Mir-30-P1a Sto-Mir-30-P1a Tgu-Mir-30-P1a Tni-Mir-30-P1a Xla-Mir-30-P1a1 Xla-Mir-30-P1a2 Xtr-Mir-30-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017708043.1: 6771347-6771408 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P1a) |
Mir-30-P2a
NW_017708043.1: 6765030-6765089 [-]
UCSC
Mir-30-P1a NW_017708043.1: 6771347-6771408 [-] UCSC |
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| Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAGUAUAAUGAUGAAUGGGAGUCUGUUGUUGUAAACAUCCCCGACUGGAAGCUGUAAGAGAAAUUCUAGCUUUCAGUCAGAUGUUUGCUGCCACUGGCUACUCUCAACUACGUCGGAAAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCAGUAUAAUGAUGAAU- -| U U U CCC GUAAGA GGG AGUC GU GU GUAAACAUC GACUGGAAGCU G CUC UCGG CA CG CGUUUGUAG CUGACUUUCGA A AGAAAGGCUGCAUCAACU A^ U C U A-- UCUUAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ami-Mir-30-P1a_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0038084 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAAACAUCCCCGACUGGAAGCU -24
Get sequence
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| Star sequence | Ami-Mir-30-P1a_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038085 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CUUUCAGUCAGAUGUUUGCUGC -62
Get sequence
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