| MirGeneDB ID | Ami-Mir-30-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-30a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-30-P1a Ami-Mir-30-P1d Ami-Mir-30-P2a Ami-Mir-30-P2b Ami-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-30-P1b Bta-Mir-30-P1b Cfa-Mir-30-P1b Cja-Mir-30-P1b Cli-Mir-30-P1b Cmi-Mir-30-P1b Cpi-Mir-30-P1b Cpo-Mir-30-P1b Dno-Mir-30-P1b Dre-Mir-30-P1b Eca-Mir-30-P1b Ete-Mir-30-P1b Gga-Mir-30-P1b Gja-Mir-30-P1b Gmo-Mir-30-P1b Hsa-Mir-30-P1b Laf-Mir-30-P1b Lch-Mir-30-P1b Loc-Mir-30-P1b Mal-Mir-30-P1b Mdo-Mir-30-P1b Mml-Mir-30-P1b Mmr-Mir-30-P1b Mmu-Mir-30-P1b Mun-Mir-30-P1b Oan-Mir-30-P1b Ocu-Mir-30-P1b Pab-Mir-30-P1b Pbv-Mir-30-P1b Rno-Mir-30-P1b Sha-Mir-30-P1b Spt-Mir-30-P1b Tgu-Mir-30-P1b Tni-Mir-30-P1b Xla-Mir-30-P1b1 Xla-Mir-30-P1b2 Xtr-Mir-30-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017707897.1: 1465843-1465906 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P1b) |
Mir-30-P1b
NW_017707897.1: 1465843-1465906 [+]
UCSC
Mir-30-P2b NW_017707897.1: 1500946-1501007 [+] UCSC |
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| Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAUGUGUAUUGCUGUUGACAGUGAGCGACUGUAAACAUCCUCGACUGGAAGCUGUGAAGCAGCAGAUGGGGCUUUCAGUCGGAUGUUUGCAGCUGCCAACUGCCACAGACUUCAAGAAAUGUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAAUGUGUAUUGCUGUU--|A GA A UC GUGAAGC G CAGU GCG CUGUAAACAUCC GACUGGAAGCU A C GUCA CGU GACGUUUGUAGG CUGACUUUCGG G UUGUAAAGAACUUCAGACA^C AC C -- GGUAGAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ami-Mir-30-P1b_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0038077 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAAACAUCCUCGACUGGAAGCU -24
Get sequence
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| Star sequence | Ami-Mir-30-P1b_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038078 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CUUUCAGUCGGAUGUUUGCAGC -64
Get sequence
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