| MirGeneDB ID | Ami-Mir-30-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-30c-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-30-P1a Ami-Mir-30-P1b Ami-Mir-30-P1d Ami-Mir-30-P2a Ami-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-30-P2b Bta-Mir-30-P2b Cfa-Mir-30-P2b Cja-Mir-30-P2b Cli-Mir-30-P2b Cmi-Mir-30-P2b Cpi-Mir-30-P2b Cpo-Mir-30-P2b Dno-Mir-30-P2b Dre-Mir-30-P2b Eca-Mir-30-P2b Ete-Mir-30-P2b Gga-Mir-30-P2b Gja-Mir-30-P2b Gmo-Mir-30-P2b Hsa-Mir-30-P2b Laf-Mir-30-P2b Lch-Mir-30-P2b Loc-Mir-30-P2b Mal-Mir-30-P2b Mdo-Mir-30-P2b Mml-Mir-30-P2b Mmr-Mir-30-P2b Mmu-Mir-30-P2b Mun-Mir-30-P2b Neu-Mir-30-P2b Oan-Mir-30-P2b Ocu-Mir-30-P2b Pab-Mir-30-P2b Pbv-Mir-30-P2b Rno-Mir-30-P2b Sha-Mir-30-P2b Spt-Mir-30-P2b Sto-Mir-30-P2b Tgu-Mir-30-P2b Tni-Mir-30-P2b Xla-Mir-30-P2b1 Xla-Mir-30-P2b2 Xtr-Mir-30-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017707897.1: 1500946-1501007 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P2b) |
Mir-30-P1b
NW_017707897.1: 1465843-1465906 [+]
UCSC
Mir-30-P2b NW_017707897.1: 1500946-1501007 [+] UCSC |
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| Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAUUUGUGGAAGCUCUGAGUGACAGGUAUUGUAAACAUCCUACACUCUCAGCUGUGGAAAAUGAGGAAGCUGGGAGAAGGCUGUUUACUCUCCCUGACUUAGAUAGCAGCUGGAGGGAAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCAUUUGUGGAAGCUCU----| GA UAUU U ACA GUGGAA GAGU CAGG GUAAACA CCU CUCUCAGCU A UUCA GUCC CAUUUGU GGA GAGGGUCGA A AGAAGGGAGGUCGACGAUAGA^ -- CUCU C A-- AGGAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ami-Mir-30-P2b_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0038081 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAAACAUCCUACACUCUCAGCU -24
Get sequence
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| Star sequence | Ami-Mir-30-P2b_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038083 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CUGGGAGAAGGCUGUUUACUCU -62
Get sequence
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