| MirGeneDB ID | Oan-Mir-30-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | oan-mir-30c-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Oan-Mir-30-P1a Oan-Mir-30-P1b Oan-Mir-30-P1d Oan-Mir-30-P2a Oan-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-30-P2b Ami-Mir-30-P2b Bta-Mir-30-P2b Cfa-Mir-30-P2b Cja-Mir-30-P2b Cli-Mir-30-P2b Cmi-Mir-30-P2b Cpi-Mir-30-P2b Cpo-Mir-30-P2b Dno-Mir-30-P2b Dre-Mir-30-P2b Eca-Mir-30-P2b Ete-Mir-30-P2b Gga-Mir-30-P2b Gja-Mir-30-P2b Gmo-Mir-30-P2b Hsa-Mir-30-P2b Laf-Mir-30-P2b Lch-Mir-30-P2b Loc-Mir-30-P2b Mal-Mir-30-P2b Mdo-Mir-30-P2b Mml-Mir-30-P2b Mmr-Mir-30-P2b Mmu-Mir-30-P2b Mun-Mir-30-P2b Neu-Mir-30-P2b Ocu-Mir-30-P2b Pab-Mir-30-P2b Pbv-Mir-30-P2b Rno-Mir-30-P2b Sha-Mir-30-P2b Spt-Mir-30-P2b Sto-Mir-30-P2b Tgu-Mir-30-P2b Tni-Mir-30-P2b Xla-Mir-30-P2b1 Xla-Mir-30-P2b2 Xtr-Mir-30-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041728.1: 83138851-83138911 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P2b) |
Mir-30-P2b
NC_041728.1: 83138851-83138911 [-]
Mir-30-P1b NC_041728.1: 83171461-83171524 [-] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGUUCUAAAGAGCCCUGAGUGACAGGUACUGUAAACAUCCUACACUCUCAGCUGUAGAUGUGAGAAAGCUGGGAGAAGGCUGUUUACUCUCUCUGCCUUGGAAAUCAGCCAAAGAGAACAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGUUCUAAAGAGCCCUGAGUGA - CU----| U ACA GUAGAU C AGGUA GUAAACA CCU CUCUCAGCU \ G UCCGU CAUUUGU GGA GAGGGUCGA G ACAAGAGAAACCGACUAAAG--- U CUCUCU^ C A-- AAGAGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Oan-Mir-30-P2b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0006911 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAAACAUCCUACACUCUCAGCU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Oan-Mir-30-P2b_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0006912 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CUGGGAGAAGGCUGUUUACUCU -61
Get sequence
|
