| MirGeneDB ID | Cli-Mir-30-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cli-mir-30c-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cli-Mir-30-P1a Cli-Mir-30-P1b Cli-Mir-30-P1d Cli-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-30-P2b Ami-Mir-30-P2b Bta-Mir-30-P2b Cfa-Mir-30-P2b Cja-Mir-30-P2b Cmi-Mir-30-P2b Cpi-Mir-30-P2b Cpo-Mir-30-P2b Dno-Mir-30-P2b Dre-Mir-30-P2b Eca-Mir-30-P2b Ete-Mir-30-P2b Gga-Mir-30-P2b Gja-Mir-30-P2b Gmo-Mir-30-P2b Hsa-Mir-30-P2b Laf-Mir-30-P2b Lch-Mir-30-P2b Loc-Mir-30-P2b Mal-Mir-30-P2b Mdo-Mir-30-P2b Mml-Mir-30-P2b Mmr-Mir-30-P2b Mmu-Mir-30-P2b Mun-Mir-30-P2b Neu-Mir-30-P2b Oan-Mir-30-P2b Ocu-Mir-30-P2b Pab-Mir-30-P2b Pbv-Mir-30-P2b Rno-Mir-30-P2b Sha-Mir-30-P2b Spt-Mir-30-P2b Sto-Mir-30-P2b Tgu-Mir-30-P2b Tni-Mir-30-P2b Xla-Mir-30-P2b1 Xla-Mir-30-P2b2 Xtr-Mir-30-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (colLiv2) |
scaffold102: 5128901-5128962 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P2b) |
Mir-30-P1b
scaffold102: 5103433-5103496 [+]
Mir-30-P2b scaffold102: 5128901-5128962 [+] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGUUUUUGAGAGCUCUGAGUGACAGGUACUGUAAACAUCCUACACUCUCAGCUGUGGAAACUAAGAAAGCUGGGAGAAGGCUGUUUACUCUCCCUGCCUUGGAAAUCAUCUGGAGGACAAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGUUUUUGAGAGCUCU----| UGA UACU U ACA GUGGAA GAG CAGG GUAAACA CCU CUCUCAGCU A UUC GUCC CAUUUGU GGA GAGGGUCGA C GAACAGGAGGUCUACUAAAGG^ C-- CUCU C A-- AAGAAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cli-Mir-30-P2b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038453 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAAACAUCCUACACUCUCAGCU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cli-Mir-30-P2b_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CUGGGAGAAGGCUGUUUACUCU -62
Get sequence
|
