| MirGeneDB ID | Ami-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-30c-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-30-P1a Ami-Mir-30-P1b Ami-Mir-30-P1d Ami-Mir-30-P2a Ami-Mir-30-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-30-P2d Bta-Mir-30-P2d Cfa-Mir-30-P2d Cja-Mir-30-P2d Cli-Mir-30-P2d Cmi-Mir-30-P2d Cpi-Mir-30-P2d Cpo-Mir-30-P2d Dno-Mir-30-P2d Dre-Mir-30-P2d Eca-Mir-30-P2d Ete-Mir-30-P2d Gga-Mir-30-P2d Gja-Mir-30-P2d Gmo-Mir-30-P2d Hsa-Mir-30-P2d Laf-Mir-30-P2d Lch-Mir-30-P2d Loc-Mir-30-P2d Mal-Mir-30-P2d Mdo-Mir-30-P2d Mml-Mir-30-P2d Mmr-Mir-30-P2d Mmu-Mir-30-P2d Mun-Mir-30-P2d Neu-Mir-30-P2d Oan-Mir-30-P2d Ocu-Mir-30-P2d Pab-Mir-30-P2d Pbv-Mir-30-P2d Rno-Mir-30-P2d Sha-Mir-30-P2d Spt-Mir-30-P2d Sto-Mir-30-P2d Tgu-Mir-30-P2d Tni-Mir-30-P2d Xla-Mir-30-P2d1 Xla-Mir-30-P2d2 Xtr-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017707671.1: 131847-131907 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P2d) |
Mir-30-P2d
NW_017707671.1: 131847-131907 [-]
UCSC
Mir-30-P1d NW_017707671.1: 135224-135287 [-] UCSC |
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| Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUAAUCUGGAAUCUACCAUGCCGUAGCAUGUGUAAACAUCCUACACUCUCAGCUGUGAACUCAAGGUGGCUGGGAGAGGGUUGUUUACGCCUUCUGCCAUGGUCUGAACAUCUGGAGGAGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUAAUCUGGAAUCUACCAU A U---| U ACA GUGAAC GCCGU GCA GUGUAAACA CCU CUCUCAGCU \ UGGUA CGU CGCAUUUGU GGG GAGGGUCGG U UGAGGAGGUCUACAAGUC- C CUUC^ U A-- UGGAAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ami-Mir-30-P2d_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0038081 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAAACAUCCUACACUCUCAGCU -24
Get sequence
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| Star sequence | Ami-Mir-30-P2d_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038082 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CUGGGAGAGGGUUGUUUACGCC -61
Get sequence
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