| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-30c-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-30-P1a Xtr-Mir-30-P1b Xtr-Mir-30-P1d Xtr-Mir-30-P2a Xtr-Mir-30-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-30-P2d Ami-Mir-30-P2d Bta-Mir-30-P2d Cfa-Mir-30-P2d Cja-Mir-30-P2d Cli-Mir-30-P2d Cmi-Mir-30-P2d Cpi-Mir-30-P2d Cpo-Mir-30-P2d Dno-Mir-30-P2d Dre-Mir-30-P2d Eca-Mir-30-P2d Ete-Mir-30-P2d Gga-Mir-30-P2d Gja-Mir-30-P2d Gmo-Mir-30-P2d Hsa-Mir-30-P2d Laf-Mir-30-P2d Lch-Mir-30-P2d Loc-Mir-30-P2d Mal-Mir-30-P2d Mdo-Mir-30-P2d Mml-Mir-30-P2d Mmr-Mir-30-P2d Mmu-Mir-30-P2d Mun-Mir-30-P2d Neu-Mir-30-P2d Oan-Mir-30-P2d Ocu-Mir-30-P2d Pab-Mir-30-P2d Pbv-Mir-30-P2d Rno-Mir-30-P2d Sha-Mir-30-P2d Spt-Mir-30-P2d Sto-Mir-30-P2d Tgu-Mir-30-P2d Tni-Mir-30-P2d Xla-Mir-30-P2d1 Xla-Mir-30-P2d2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr2: 83742912-83742972 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P2d) |
Mir-30-P1d
chr2: 83741908-83741971 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-30-P2d chr2: 83742912-83742972 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUCUUUCCAAACGAACCAUGCAGCAGUGAUUGUAAACAUCCUACACUCUCAGCUGUGAACAUAAGGUGGCUGGGAGAAGGGUGUUUACUCCCCCUGCCAUGGAGUAGUCCUCAUAUGUUAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUCUUUCCAAACGAACCAUGCA--| UGAUU ACA GUGAAC GCAG GUAAACAUCCU CUCUCAGCU \ CGUC CAUUUGUGGGA GAGGGUCGG A UAUUGUAUACUCCUGAUGAGGUAC^ CCCCU A-- UGGAAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xtr-Mir-30-P2d_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003577 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAAACAUCCUACACUCUCAGCU -24
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-30c |
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| Star sequence | Xtr-Mir-30-P2d_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CUGGGAGAAGGGUGUUUACUCC -61
Get sequence
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