| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-30-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-30a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-30-P1a Xtr-Mir-30-P1d Xtr-Mir-30-P2a Xtr-Mir-30-P2b Xtr-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-30-P1b Ami-Mir-30-P1b Bta-Mir-30-P1b Cfa-Mir-30-P1b Cja-Mir-30-P1b Cli-Mir-30-P1b Cmi-Mir-30-P1b Cpi-Mir-30-P1b Cpo-Mir-30-P1b Dno-Mir-30-P1b Dre-Mir-30-P1b Eca-Mir-30-P1b Ete-Mir-30-P1b Gga-Mir-30-P1b Gja-Mir-30-P1b Gmo-Mir-30-P1b Hsa-Mir-30-P1b Laf-Mir-30-P1b Lch-Mir-30-P1b Loc-Mir-30-P1b Mal-Mir-30-P1b Mdo-Mir-30-P1b Mml-Mir-30-P1b Mmr-Mir-30-P1b Mmu-Mir-30-P1b Mun-Mir-30-P1b Oan-Mir-30-P1b Ocu-Mir-30-P1b Pab-Mir-30-P1b Pbv-Mir-30-P1b Rno-Mir-30-P1b Sha-Mir-30-P1b Spt-Mir-30-P1b Tgu-Mir-30-P1b Tni-Mir-30-P1b Xla-Mir-30-P1b1 Xla-Mir-30-P1b2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr5: 91687783-91687845 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P1b) |
Mir-30-P2b
chr5: 91680395-91680454 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-30-P1b chr5: 91687783-91687845 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCCAGGAACUACUGCUGACAGUAUGCGACUGUAAACAUCCUCGACUGGAAGCUGUGAAGCAGUUGAAGGGCUUUCAGUCAGAUGUUUGCAGCUGCCAACUGCCUUCGUCUUCAAGAGCUUCUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGCCAGGAACUACUGCUGA--| AU A CUC GUGAAGC CAGU GCG CUGUAAACAUC GACUGGAAGCU \ GUCA CGU GACGUUUGUAG CUGACUUUCGG A UCUUCGAGAACUUCUGCUUCC^ AC C A-- GAAGUUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xtr-Mir-30-P1b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0003574 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAAACAUCCUCGACUGGAAGCU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-30a-5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Xtr-Mir-30-P1b_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0003575 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- CUUUCAGUCAGAUGUUUGCAGC -63
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-30a-3p |
