| MirGeneDB ID | Laf-Mir-30-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Laf-Mir-30-P1a Laf-Mir-30-P1d Laf-Mir-30-P2a Laf-Mir-30-P2b Laf-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-30-P1b Ami-Mir-30-P1b Bta-Mir-30-P1b Cfa-Mir-30-P1b Cja-Mir-30-P1b Cli-Mir-30-P1b Cmi-Mir-30-P1b Cpi-Mir-30-P1b Cpo-Mir-30-P1b Dno-Mir-30-P1b Dre-Mir-30-P1b Eca-Mir-30-P1b Ete-Mir-30-P1b Gga-Mir-30-P1b Gja-Mir-30-P1b Gmo-Mir-30-P1b Hsa-Mir-30-P1b Lch-Mir-30-P1b Loc-Mir-30-P1b Mal-Mir-30-P1b Mdo-Mir-30-P1b Mml-Mir-30-P1b Mmr-Mir-30-P1b Mmu-Mir-30-P1b Mun-Mir-30-P1b Oan-Mir-30-P1b Ocu-Mir-30-P1b Pab-Mir-30-P1b Pbv-Mir-30-P1b Rno-Mir-30-P1b Sha-Mir-30-P1b Spt-Mir-30-P1b Tgu-Mir-30-P1b Tni-Mir-30-P1b Xla-Mir-30-P1b1 Xla-Mir-30-P1b2 Xtr-Mir-30-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010027.1: 94588308-94588370 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P1b) |
Mir-30-P1b
GL010027.1: 94588308-94588370 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-30-P2b GL010027.1: 94631026-94631087 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAGGUAUAUCGCUGUUGACAGUGAGCGACUGUAAACAUCCUCGACUGGAAGCUGUGAAGCCACAGAUGGGCUUUCAGUCGGAUGUUUGCAGCUGCCUACUGCCUCAGACUUCAAGGAGCUACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAAGGUAUAUCGCUGUUGA--| A A UC GUGAAGC CAGUG GCG CUGUAAACAUCC GACUGGAAGCU \ GUCAU CGU GACGUUUGUAGG CUGACUUUCGG C CAUCGAGGAACUUCAGACUCC^ C C -- GUAGACA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Laf-Mir-30-P1b_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAAACAUCCUCGACUGGAAGCU -24
Get sequence
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| Star sequence | Laf-Mir-30-P1b_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- CUUUCAGUCGGAUGUUUGCAGC -63
Get sequence
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