| MirGeneDB ID | Tni-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-30-P1a Tni-Mir-30-P1b Tni-Mir-30-P1d Tni-Mir-30-P2a Tni-Mir-30-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-30-P2d Ami-Mir-30-P2d Bta-Mir-30-P2d Cfa-Mir-30-P2d Cja-Mir-30-P2d Cli-Mir-30-P2d Cmi-Mir-30-P2d Cpi-Mir-30-P2d Cpo-Mir-30-P2d Dno-Mir-30-P2d Dre-Mir-30-P2d Eca-Mir-30-P2d Ete-Mir-30-P2d Gga-Mir-30-P2d Gja-Mir-30-P2d Gmo-Mir-30-P2d Hsa-Mir-30-P2d Laf-Mir-30-P2d Lch-Mir-30-P2d Loc-Mir-30-P2d Mal-Mir-30-P2d Mdo-Mir-30-P2d Mml-Mir-30-P2d Mmr-Mir-30-P2d Mmu-Mir-30-P2d Mun-Mir-30-P2d Neu-Mir-30-P2d Oan-Mir-30-P2d Ocu-Mir-30-P2d Pab-Mir-30-P2d Pbv-Mir-30-P2d Rno-Mir-30-P2d Sha-Mir-30-P2d Spt-Mir-30-P2d Sto-Mir-30-P2d Tgu-Mir-30-P2d Xla-Mir-30-P2d1 Xla-Mir-30-P2d2 Xtr-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
21: 1387972-1388031 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P2d) |
Mir-30-P1d
21: 1387761-1387825 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-30-P2d 21: 1387972-1388031 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAAAUUGCCAAGUAGAUCGUCUCCAGGCAUGUAAACAUCCUACACUCUCAGCUGUGUUGUCAUGGAGCUGGGAGAGGGGUGUUUACGCUUCUGGUGAUGAAGAAACCUCGUCAAGCAUUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGAAAUUGCCAAGUAGA--| U CA ACA GUGUU UCGUC CCAGG UGUAAACAUCCU CUCUCAGCU G AGUAG GGUCU GCAUUUGUGGGG GAGGGUCGA U UUACGAACUGCUCCAAAGA^ U UC A-- GGUAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tni-Mir-30-P2d_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAAACAUCCUACACUCUCAGCU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tni-Mir-30-P2d_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CUGGGAGAGGGGUGUUUACGCU -60
Get sequence
|
