| MirGeneDB ID | Ami-Mir-30-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-30e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-30-P1a Ami-Mir-30-P1b Ami-Mir-30-P2a Ami-Mir-30-P2b Ami-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-30-P1d Bta-Mir-30-P1d Cfa-Mir-30-P1d Cja-Mir-30-P1d Cli-Mir-30-P1d Cmi-Mir-30-P1d3 Cmi-Mir-30-P1d4 Cpi-Mir-30-P1d Cpo-Mir-30-P1d Dno-Mir-30-P1d Dre-Mir-30-P1d Eca-Mir-30-P1d Ete-Mir-30-P1d Gga-Mir-30-P1d Gja-Mir-30-P1d Gmo-Mir-30-P1d Hsa-Mir-30-P1d Laf-Mir-30-P1d Lch-Mir-30-P1d Loc-Mir-30-P1d Mal-Mir-30-P1d Mdo-Mir-30-P1d Mml-Mir-30-P1d Mmr-Mir-30-P1d Mmu-Mir-30-P1d Mun-Mir-30-P1d Neu-Mir-30-P1d Oan-Mir-30-P1d Ocu-Mir-30-P1d Pab-Mir-30-P1d Pbv-Mir-30-P1d Rno-Mir-30-P1d Sha-Mir-30-P1d Spt-Mir-30-P1d Sto-Mir-30-P1d3 Sto-Mir-30-P1d4 Tgu-Mir-30-P1d Tni-Mir-30-P1d Xla-Mir-30-P1d1 Xla-Mir-30-P1d2 Xtr-Mir-30-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017707671.1: 135224-135287 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P1d) |
Mir-30-P2d
NW_017707671.1: 131847-131907 [-]
UCSC
Mir-30-P1d NW_017707671.1: 135224-135287 [-] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACCUGCAUCUUCCUGGGCAGUCGAUGCUACUGUAAACAUCCUUGACUGGAAGCUGUAAGGUGCUAGAAGGAGCUUUCAGUCGGAUGUUUACAGCGGCAGGCUGCCACAGUCAUCCGAGUACCAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACCUGCAUCUUCCUGGG----| GA UA UU GUAAGGU CAGUC UGC CUGUAAACAUCC GACUGGAAGCU G GUCGG ACG GACAUUUGUAGG CUGACUUUCGA C GACCAUGAGCCUACUGACACC^ -- GC -- GGAAGAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ami-Mir-30-P1d_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038086 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAAACAUCCUUGACUGGAAGCU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Co-mature sequence | Ami-Mir-30-P1d_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038087 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CUUUCAGUCGGAUGUUUACAGC -64
Get sequence
|
