| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-30-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-30e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-30-P1a Cpo-Mir-30-P1b Cpo-Mir-30-P2a Cpo-Mir-30-P2b Cpo-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-30-P1d Ami-Mir-30-P1d Bta-Mir-30-P1d Cfa-Mir-30-P1d Cja-Mir-30-P1d Cli-Mir-30-P1d Cmi-Mir-30-P1d3 Cmi-Mir-30-P1d4 Cpi-Mir-30-P1d Dno-Mir-30-P1d Dre-Mir-30-P1d Eca-Mir-30-P1d Ete-Mir-30-P1d Gga-Mir-30-P1d Gja-Mir-30-P1d Gmo-Mir-30-P1d Hsa-Mir-30-P1d Laf-Mir-30-P1d Lch-Mir-30-P1d Loc-Mir-30-P1d Mal-Mir-30-P1d Mdo-Mir-30-P1d Mml-Mir-30-P1d Mmr-Mir-30-P1d Mmu-Mir-30-P1d Mun-Mir-30-P1d Neu-Mir-30-P1d Oan-Mir-30-P1d Ocu-Mir-30-P1d Pab-Mir-30-P1d Pbv-Mir-30-P1d Rno-Mir-30-P1d Sha-Mir-30-P1d Spt-Mir-30-P1d Sto-Mir-30-P1d3 Sto-Mir-30-P1d4 Tgu-Mir-30-P1d Tni-Mir-30-P1d Xla-Mir-30-P1d1 Xla-Mir-30-P1d2 Xtr-Mir-30-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_180: 168140-168203 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P1d) |
Mir-30-P1d
scaffold_180: 168140-168203 [+]
UCSC
Mir-30-P2d scaffold_180: 170974-171034 [+] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGCUCUGUUUUUCUGGGCAGUCUUUGCUACUGUAAACAUCCUUGACUGGAAGCUGUAAAGUGUUCAGAGGAGCUUUCAGUCGGAUGUUUACAGCGGCAGGCUGCCACGGUCAUCCCCAGCUGCAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGCUCUGUUUUUCUGGG----| UU UA UU GUAAAGU CAGUCU GC CUGUAAACAUCC GACUGGAAGCU G GUCGGA CG GACAUUUGUAGG CUGACUUUCGA U ACGUCGACCCCUACUGGCACC^ -- GC -- GGAGACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cpo-Mir-30-P1d_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0046912 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAAACAUCCUUGACUGGAAGCU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cpo-Mir-30-P1d_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0046913 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CUUUCAGUCGGAUGUUUACAGC -64
Get sequence
|
