MirGeneDB ID | Cmi-Mir-30-P1d4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Australian ghostshark (Callorhinchus milii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cmi-Mir-30-P1a Cmi-Mir-30-P1b Cmi-Mir-30-P1d3 Cmi-Mir-30-P2a Cmi-Mir-30-P2b Cmi-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-30-P1d Ami-Mir-30-P1d Bta-Mir-30-P1d Cfa-Mir-30-P1d Cja-Mir-30-P1d Cli-Mir-30-P1d Cpi-Mir-30-P1d Cpo-Mir-30-P1d Dno-Mir-30-P1d Dre-Mir-30-P1d Eca-Mir-30-P1d Ete-Mir-30-P1d Gga-Mir-30-P1d Gja-Mir-30-P1d Gmo-Mir-30-P1d Hsa-Mir-30-P1d Laf-Mir-30-P1d Lch-Mir-30-P1d Loc-Mir-30-P1d Mal-Mir-30-P1d Mdo-Mir-30-P1d Mml-Mir-30-P1d Mmr-Mir-30-P1d Mmu-Mir-30-P1d Mun-Mir-30-P1d Neu-Mir-30-P1d Oan-Mir-30-P1d Ocu-Mir-30-P1d Pab-Mir-30-P1d Pbv-Mir-30-P1d Rno-Mir-30-P1d Sha-Mir-30-P1d Spt-Mir-30-P1d Sto-Mir-30-P1d4 Tgu-Mir-30-P1d Tni-Mir-30-P1d Xtr-Mir-30-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Chondrichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000165045.2_Callorhinchus_milii-6.1.3) |
KI635890.1: 6103426-6103488 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P1d4) |
Mir-30-P1d3
KI635890.1: 6103023-6103085 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-30-P1d4 KI635890.1: 6103426-6103488 [+] UCSC Ensembl Mir-30-P2d KI635890.1: 6106040-6106099 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGUUGCUGAUUACUGGCAGGUCGUGCUGCUGUAAACAUCCUUGACUGGAAGCUGUGUGGUGACUUGAGGGCUUUCAGUCAGAUGUUUGCAGCUGUUGGCUGCCGUUUGCAUCAGUGAAACCCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGUUGCUGAUUACUGGCA C --| U CU GUGUGGU GGU GU GC GCUGUAAACAUC UGACUGGAAGCU \ CCG CG UG CGACGUUUGUAG ACUGACUUUCGG G CCCAAAGUGACUACGUUUG U GU^ U -- GAGUUCA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cmi-Mir-30-P1d4_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUAAACAUCCUUGACUGGAAGCU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cmi-Mir-30-P1d4_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- CUUUCAGUCAGAUGUUUGCAGC -63
Get sequence
|