| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-30-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-30e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cfa-Mir-30-P1a Cfa-Mir-30-P1b Cfa-Mir-30-P2a Cfa-Mir-30-P2b Cfa-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-30-P1d Ami-Mir-30-P1d Bta-Mir-30-P1d Cja-Mir-30-P1d Cli-Mir-30-P1d Cmi-Mir-30-P1d3 Cmi-Mir-30-P1d4 Cpi-Mir-30-P1d Cpo-Mir-30-P1d Dno-Mir-30-P1d Dre-Mir-30-P1d Eca-Mir-30-P1d Ete-Mir-30-P1d Gga-Mir-30-P1d Gja-Mir-30-P1d Gmo-Mir-30-P1d Hsa-Mir-30-P1d Laf-Mir-30-P1d Lch-Mir-30-P1d Loc-Mir-30-P1d Mal-Mir-30-P1d Mdo-Mir-30-P1d Mml-Mir-30-P1d Mmr-Mir-30-P1d Mmu-Mir-30-P1d Mun-Mir-30-P1d Neu-Mir-30-P1d Oan-Mir-30-P1d Ocu-Mir-30-P1d Pab-Mir-30-P1d Pbv-Mir-30-P1d Rno-Mir-30-P1d Sha-Mir-30-P1d Spt-Mir-30-P1d Sto-Mir-30-P1d3 Sto-Mir-30-P1d4 Tgu-Mir-30-P1d Tni-Mir-30-P1d Xla-Mir-30-P1d1 Xla-Mir-30-P1d2 Xtr-Mir-30-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr15: 2283306-2283369 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P1d) |
Mir-30-P2d
chr15: 2280050-2280110 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-30-P1d chr15: 2283306-2283369 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUCCGUCCUUUCUGGGCAGUCUUUGCUACUGUAAACAUCCUUGACUGGAAGCUGUAAGGUGCUCAGAGGGGCUUUCAGUCGGAUGUUUACAGCGGCAGGCUGCCACGGUCACGGUCGUCCCCAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUCCGUCCUUUCUGGG----| UU UA UU GUAAGGU CAGUCU GC CUGUAAACAUCC GACUGGAAGCU G GUCGGA CG GACAUUUGUAGG CUGACUUUCGG C ACCCCUGCUGGCACUGGCACC^ -- GC -- GGAGACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cfa-Mir-30-P1d_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAAACAUCCUUGACUGGAAGCU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cfa-Mir-30-P1d_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0006627 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CUUUCAGUCGGAUGUUUACAGC -64
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-30e miRDB: MIMAT0006627 |
