| MirGeneDB ID | Sto-Mir-30-P1d4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cloudy Catshark (Scyliorhinus torazame) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sto-Mir-30-P1a Sto-Mir-30-P1d3 Sto-Mir-30-P2a Sto-Mir-30-P2b Sto-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-30-P1d Ami-Mir-30-P1d Bta-Mir-30-P1d Cfa-Mir-30-P1d Cja-Mir-30-P1d Cli-Mir-30-P1d Cmi-Mir-30-P1d4 Cpi-Mir-30-P1d Cpo-Mir-30-P1d Dno-Mir-30-P1d Dre-Mir-30-P1d Eca-Mir-30-P1d Ete-Mir-30-P1d Gga-Mir-30-P1d Gja-Mir-30-P1d Gmo-Mir-30-P1d Hsa-Mir-30-P1d Laf-Mir-30-P1d Lch-Mir-30-P1d Loc-Mir-30-P1d Mal-Mir-30-P1d Mdo-Mir-30-P1d Mml-Mir-30-P1d Mmr-Mir-30-P1d Mmu-Mir-30-P1d Mun-Mir-30-P1d Neu-Mir-30-P1d Oan-Mir-30-P1d Ocu-Mir-30-P1d Pab-Mir-30-P1d Pbv-Mir-30-P1d Rno-Mir-30-P1d Sha-Mir-30-P1d Spt-Mir-30-P1d Tgu-Mir-30-P1d Tni-Mir-30-P1d Xtr-Mir-30-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Chondrichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003427355_STO_add) |
BFAA01005240.1: 133181-133243 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P1d4) |
Mir-30-P2d
BFAA01005240.1: 117707-117766 [-]
Mir-30-P1d4 BFAA01005240.1: 133181-133243 [-] Mir-30-P1d3 BFAA01005240.1: 134438-134501 [-] |
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| Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUGGUGUUGAUUGCUGGCAGUUUAUACUGUUGUAAACAUCCUUGACUGGAAGCUGUUUGGAGAUGGAUAGGCUUUCAGUCAGAUGUUUGCAGCUGUUGACUGCUGCUUACUUCAAUGAAUCACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUGGUGUUGAUUGCUGG- UUAU-| U CU GUUUGGA CAGU AC GUUGUAAACAUC UGACUGGAAGCU \ GUCG UG CGACGUUUGUAG ACUGACUUUCGG G CACUAAGUAACUUCAUUC UCAGU^ U -- AUAGGUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sto-Mir-30-P1d4_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAAACAUCCUUGACUGGAAGCU -24
Get sequence
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| Star sequence | Sto-Mir-30-P1d4_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- CUUUCAGUCAGAUGUUUGCAGC -63
Get sequence
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