| MirGeneDB ID | Mml-Mir-30-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rhesus monkey (Macaca mulatta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mml-mir-30d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mml-Mir-30-P1b Mml-Mir-30-P1d Mml-Mir-30-P2a Mml-Mir-30-P2b Mml-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-30-P1a Ami-Mir-30-P1a Bta-Mir-30-P1a Cfa-Mir-30-P1a Cja-Mir-30-P1a Cli-Mir-30-P1a Cmi-Mir-30-P1a Cpi-Mir-30-P1a Cpo-Mir-30-P1a Dno-Mir-30-P1a Dre-Mir-30-P1a Eca-Mir-30-P1a Ete-Mir-30-P1a Gga-Mir-30-P1a Gja-Mir-30-P1a Gmo-Mir-30-P1a Hsa-Mir-30-P1a Laf-Mir-30-P1a Lch-Mir-30-P1a Loc-Mir-30-P1a Mal-Mir-30-P1a Mdo-Mir-30-P1a Mmr-Mir-30-P1a Mmu-Mir-30-P1a Mun-Mir-30-P1a Neu-Mir-30-P1a Oan-Mir-30-P1a Ocu-Mir-30-P1a Pab-Mir-30-P1a Pbv-Mir-30-P1a Rno-Mir-30-P1a Sha-Mir-30-P1a Spt-Mir-30-P1a Sto-Mir-30-P1a Tgu-Mir-30-P1a Tni-Mir-30-P1a Xla-Mir-30-P1a1 Xla-Mir-30-P1a2 Xtr-Mir-30-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003339765.3_Mmul_10_traces) |
CM014343.1: 135074822-135074883 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P1a) |
Mir-30-P2a
CM014343.1: 135069416-135069475 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-30-P1a CM014343.1: 135074822-135074883 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUUAAAUUUCUUGUUCCGAAAGUCUGUUGUUGUAAACAUCCCCGACUGGAAGCUGUAAGACACAGCUAAGCUUUCAGUCAGAUGUUUGCUGCUACCGGCUAUUCACAGACAUCCUCUUGAUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUUAAAUUUCUUGUUCC- -| U U U CCC GUAAGA GAA AGUC GU GU GUAAACAUC GACUGGAAGCU C CUU UCGG CA CG CGUUUGUAG CUGACUUUCGA A AUAGUUCUCCUACAGACA A^ C U U A-- AUCGAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mml-Mir-30-P1a_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0006171 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAAACAUCCCCGACUGGAAGCU -24
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-30d-5p |
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| Star sequence | Mml-Mir-30-P1a_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0026806 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CUUUCAGUCAGAUGUUUGCUGC -62
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-30d-3p |
