| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-30-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-30d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ocu-Mir-30-P1b Ocu-Mir-30-P1d Ocu-Mir-30-P2a Ocu-Mir-30-P2b Ocu-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-30-P1a Ami-Mir-30-P1a Bta-Mir-30-P1a Cfa-Mir-30-P1a Cja-Mir-30-P1a Cli-Mir-30-P1a Cmi-Mir-30-P1a Cpi-Mir-30-P1a Cpo-Mir-30-P1a Dno-Mir-30-P1a Dre-Mir-30-P1a Eca-Mir-30-P1a Ete-Mir-30-P1a Gga-Mir-30-P1a Gja-Mir-30-P1a Gmo-Mir-30-P1a Hsa-Mir-30-P1a Laf-Mir-30-P1a Lch-Mir-30-P1a Loc-Mir-30-P1a Mal-Mir-30-P1a Mdo-Mir-30-P1a Mml-Mir-30-P1a Mmr-Mir-30-P1a Mmu-Mir-30-P1a Mun-Mir-30-P1a Neu-Mir-30-P1a Oan-Mir-30-P1a Pab-Mir-30-P1a Pbv-Mir-30-P1a Rno-Mir-30-P1a Sha-Mir-30-P1a Spt-Mir-30-P1a Sto-Mir-30-P1a Tgu-Mir-30-P1a Tni-Mir-30-P1a Xla-Mir-30-P1a1 Xla-Mir-30-P1a2 Xtr-Mir-30-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chr3: 150424946-150425005 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P1a) |
Mir-30-P2a
chr3: 150418853-150418912 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-30-P1a chr3: 150424946-150425005 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUUAAGUUGUUGUUCAGAAAGUCUGUUGUUGUAAACAUCCCCGACUGGAAGCUGUAAAACAACUAAGCUUUCAGUCAGAUGUUUGCUGCUACCGGCUAUUCACAGACGUCAUCUAGCUAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUUAAGUUGUUGUUCA- -| U U U CCC GUAAA GAA AGUC GU GU GUAAACAUC GACUGGAAGCU A CUU UCGG CA CG CGUUUGUAG CUGACUUUCGA C AUCGAUCUACUGCAGACA A^ C U U A-- AUCAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ocu-Mir-30-P1a_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0048157 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAAACAUCCCCGACUGGAAGCU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ocu-Mir-30-P1a_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0048158 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CUUUCAGUCAGAUGUUUGCUGC -60
Get sequence
|
