| MirGeneDB ID | Tni-Mir-181-P2c1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-181-P1a1 Tni-Mir-181-P1b1 Tni-Mir-181-P1c1 Tni-Mir-181-P1c2 Tni-Mir-181-P2a1 Tni-Mir-181-P2b1 Tni-Mir-181-P2c1-v1 Tni-Mir-181-P2c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P2c Ami-Mir-181-P2c Bta-Mir-181-P2c Cfa-Mir-181-P2c Cja-Mir-181-P2c Cmi-Mir-181-P2c Cpi-Mir-181-P2c Dno-Mir-181-P2c Dre-Mir-181-P2c1 Eca-Mir-181-P2c Ete-Mir-181-P2c Gmo-Mir-181-P2c1 Hsa-Mir-181-P2c Laf-Mir-181-P2c Lch-Mir-181-P2c Loc-Mir-181-P2c Mal-Mir-181-P2c1 Mdo-Mir-181-P2c Mml-Mir-181-P2c Mmr-Mir-181-P2c Mmu-Mir-181-P2c Mun-Mir-181-P2c Neu-Mir-181-P2c Oan-Mir-181-P2c Ocu-Mir-181-P2c Pab-Mir-181-P2c Pbv-Mir-181-P2c Rno-Mir-181-P2c Sha-Mir-181-P2c Sto-Mir-181-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
15: 5125604-5125663 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P2c1-v2) |
Mir-181-P1c1
15: 5125424-5125490 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P2c1-v1 15: 5125603-5125664 [+] UCSC Ensembl Mir-181-P2c1-v2 15: 5125604-5125663 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Tni-Mir-181-P2c1-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAUUCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUGCUGGCAGAGACCAAAGGUCACAGUCAACAUUCAUUGCUGUCGCUGGGUUGGACUGUGUAGAAAAGCUCACUGAACAAUGAGUGCAACUGUGGCCCAGAUCUGCCCAACUCUUGUCUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUGCUGGCAGAGACCAAA---| CAA CUG C GGACUG GGUCACAGU CAUUCAUUG UCG UGGGUU U CCGGUGUCA GUGAGUAAC AGU ACUCGA G UCUGUUCUCAACCCGUCUAGAC^ AC- A-- C AAAGAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tni-Mir-181-P2c1-v2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACAUUCAUUGCUGUCGCUGGGUU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tni-Mir-181-P2c1-v2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CUCACUGAACAAUGAGUGCAA -60
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Tni-Mir-181-P2c1-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGCUGCUGGCAGAGACCAAAGGUCACAGUCAACAUUCAUUGCUGUCGCUGGGUUGGACUGUGUAGAAAAGCUCACUGAACAAUGAGUGCAACUGUGGCCCAGAUCUGCCCAACUCUUGUCUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGCUGCUGGCAGAGACCAAA---| CAA CUG C UGGACUG GGUCACAGU CAUUCAUUG UCG UGGGU U CCGGUGUCA GUGAGUAAC AGU ACUCG G CUCUGUUCUCAACCCGUCUAGAC^ AC- A-- C AAAAGAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tni-Mir-181-P2c1-v1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAUUGCUGUCGCUGGGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tni-Mir-181-P2c1-v1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UCACUGAACAAUGAGUGCAAC -62
Get sequence
|
