| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-144 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-144-v1 Ami-Mir-144 Bta-Mir-144-v1 Cfa-Mir-144-v1 Cja-Mir-144-v1 Cli-Mir-144-v1 Cmi-Mir-144 Cpi-Mir-144 Cpo-Mir-144-v1 Dno-Mir-144 Dre-Mir-144-v1 Ebu-Mir-144-v1 Eca-Mir-144-v1 Ete-Mir-144 Gga-Mir-144 Gja-Mir-144-v1 Gmo-Mir-144-v1 Hsa-Mir-144-v1 Laf-Mir-144 Lch-Mir-144 Loc-Mir-144-v1 Mal-Mir-144-v1 Mdo-Mir-144 Mml-Mir-144 Mmr-Mir-144 Mun-Mir-144-v1 Neu-Mir-144-v1 Oan-Mir-144 Ocu-Mir-144-v1 Pab-Mir-144-v1 Pbv-Mir-144 Pma-Mir-144 Rno-Mir-144-v1 Sha-Mir-144 Spt-Mir-144 Sto-Mir-144 Tgu-Mir-144-v1 Tni-Mir-144 Xtr-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr11: 78073010-78073067 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-144-v1) |
Mir-144-v1
chr11: 78073010-78073067 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-144-v2 chr11: 78073010-78073067 [+] UCSC Ensembl Mir-451 chr11: 78073186-78073227 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mmu-Mir-144-v1 |
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| Seed | GAUAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCUCACCUCCUCCUCCAGGACCUUGGCUGGGAUAUCAUCAUAUACUGUAAGUUUGUGAUGAGACACUACAGUAUAGAUGAUGUACUAGUCUGGGUACCCCACCUCCAGAGCCUGCCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGCUCACCUCCUCCUCCA- -| U G A AGUUUGUG GG ACCU GGCUGG AUAUCAUC UAUACUGUA \ CC UGGG CUGAUC UGUAGUAG AUAUGACAU A UCCGUCCGAGACCUCCACC A^ U A - CACAGAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmu-Mir-144-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0016988 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAUAUCAUCAUAUACUGUAAG -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-144-5p miRDB: MIMAT0016988 |
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| Co-mature sequence | Mmu-Mir-144-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000156 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UACAGUAUAGAUGAUGUACUA -58
Get sequence
|
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000156 TargetScanVert: mmu-miR-144-3p miRDB: MIMAT0000156 |
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| Variant | Mmu-Mir-144-v2 |
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| Seed | GAUAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCUCACCUCCUCCUCCAGGACCUUGGCUGGGAUAUCAUCAUAUACUGUAAGUUUGUGAUGAGACACUACAGUAUAGAUGAUGUACUAGUCUGGGUACCCCACCUCCAGAGCCUGCCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGCUCACCUCCUCCUCCA- -| U G A A UUGUG GG ACCU GGCUGG AUAUCAUC UAUACUGUA GU A CC UGGG CUGAUC UGUAGUAG AUAUGACAU CA U UCCGUCCGAGACCUCCACC A^ U A - - CAGAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmu-Mir-144-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0016988 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAUAUCAUCAUAUACUGUAAGU -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-144-5p miRDB: MIMAT0016988 |
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| Star sequence | Mmu-Mir-144-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0000156 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CUACAGUAUAGAUGAUGUACUA -58
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000156 TargetScanVert: mmu-miR-144-3p miRDB: MIMAT0000156 |
