| MirGeneDB ID | Aca-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-144 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aca-mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-144 Bta-Mir-144-v1 Cfa-Mir-144-v1 Cja-Mir-144-v1 Cli-Mir-144-v1 Cmi-Mir-144 Cpi-Mir-144 Cpo-Mir-144-v1 Dno-Mir-144 Dre-Mir-144-v1 Ebu-Mir-144-v1 Eca-Mir-144-v1 Ete-Mir-144 Gga-Mir-144 Gja-Mir-144-v1 Gmo-Mir-144-v1 Hsa-Mir-144-v1 Laf-Mir-144 Lch-Mir-144 Loc-Mir-144-v1 Mal-Mir-144-v1 Mdo-Mir-144 Mml-Mir-144 Mmr-Mir-144 Mmu-Mir-144-v1 Mun-Mir-144-v1 Neu-Mir-144-v1 Oan-Mir-144 Ocu-Mir-144-v1 Pab-Mir-144-v1 Pbv-Mir-144 Pma-Mir-144 Rno-Mir-144-v1 Sha-Mir-144 Spt-Mir-144 Sto-Mir-144 Tgu-Mir-144-v1 Tni-Mir-144 Xtr-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (anoCar2) |
G889P68288RO14: 342-398 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-144-v1) |
Mir-451
G889P68288RO14: 156-197 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-144-v1 G889P68288RO14: 342-398 [-] UCSC Ensembl Mir-144-v2 G889P68288RO14: 342-398 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Aca-Mir-144-v1 |
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| Seed | GAUAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAUCCGGAUUCUGCCCGAAGUCUCUGGGCCGGAUAUCAUCAUAUACUGUAAGUUGGAAUGAGACACUACAGUAUAGAUGAUGUACUACCUUGAGCUCUUUCUUCCCGACUCGGGAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAUCCGGAUUCUGCCCG- U-| U CC - A AGUUGGA AAG CUC GGG GG AUAUCAUC UAUACUGUA A UUC GAG UCC UC UGUAGUAG AUAUGACAU U CUAGGGCUCAGCCCUUCU UC^ U A- A - CACAGAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | Not in assembly but in trace archive. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Aca-Mir-144-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0021771 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAUAUCAUCAUAUACUGUAAG -22
Get sequence
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| Co-mature sequence | Aca-Mir-144-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0021772 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UACAGUAUAGAUGAUGUACUA -57
Get sequence
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| Variant | Aca-Mir-144-v2 |
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| Seed | GAUAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAUCCGGAUUCUGCCCGAAGUCUCUGGGCCGGAUAUCAUCAUAUACUGUAAGUUGGAAUGAGACACUACAGUAUAGAUGAUGUACUACCUUGAGCUCUUUCUUCCCGACUCGGGAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAUCCGGAUUCUGCCCG- U-| U CC - A A UGGAA AAG CUC GGG GG AUAUCAUC UAUACUGUA GU \ UUC GAG UCC UC UGUAGUAG AUAUGACAU CA U CUAGGGCUCAGCCCUUCU UC^ U A- A - - CAGAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | Not in assembly but in trace archive. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Aca-Mir-144-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0021771 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAUAUCAUCAUAUACUGUAAGU -23
Get sequence
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| Co-mature sequence | Aca-Mir-144-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0021772 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CUACAGUAUAGAUGAUGUACUA -57
Get sequence
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